Scout și soldat
În timpul războiului civil american (1861-1865), Cody a servit mai întâi ca scout al Uniunii în campaniile împotriva Kiowa și Comanche și mai târziu (în 1863) s-a înrolat cu cea de-a șaptea cavalerie Kansas, care a văzut acțiuni în Missouri și Tennessee. După război, a lucrat pentru armata SUA ca cercetător civil și purtător de expediere din Fort Ellsworth, în Kansas (1866–67). În 1867–68 a vânat bivoli pentru a hrăni echipajele de construcții pe calea ferată Union Pacific. În acest timp, se spune că a sacrificat aproximativ 4.280 de cap de bivol și a devenit în curând cunoscut ca ucigașul de bivoli campion din Marile Câmpii.
Cody a dobândit o reputație nu numai pentru tirul precis, ci și pentru amintirea totală a terenului vast pe care l-a traversat, cunoștințele căilor indiene, curajul și rezistența. El a fost cerut ca cercetaș și ghid, în special pentru a cincea cavalerie a SUA, pe parcursul multor încercări ale guvernului de a elimina rezistența indiană la așezarea țării de la vest de râul Mississippi (1868–76). În 1872, generalul Philip Sheridan a aranjat-o pe Cody și Lieut. Col. George Armstrong Custer îl va îndruma pe Marele Duce Alexis al Rusiei într-o călătorie de vânătoare care a fost organizată de Președintele SUA. Ulysses S. Grant. În același an, Cody, care a preluat frecvent misiuni periculoase pe care alții le-au refuzat, a primit Medalia de Onoare pentru acțiunile sale eroice din 26 aprilie ca cercetaș pentru un contingent din a treia cavalerie care urmărea indieni care furaseră cai de armată lângă Fort McPherson din Nebraska. . (Onoarea a fost revocată în 1916 ca parte a unei revizuiri generale pentru identificarea persoanelor care primiseră premiul, dar care nu fuseseră din punct de vedere tehnic membri ai armatei ca ofițeri sau soldați. Cercetașii au fost clasificați ca civili. Cu toate acestea, armata SUA a restabilit medalia de onoare lui Cody postum în 1989.) În timpul serviciului militar, reputația lui Cody a continuat să crească. În total, se crede că s-a angajat în 16 lupte indiene, inclusiv scalpul său mult mediatizat (17 iulie 1876) al războinicului Cheyenne Yellow Hair (tradus în mod eronat ca Yellow Hand) în județul Sioux, Nebraska, care a fost apreciat ca un răspuns la masacrul comandamentului lui Custer la Bătălia Micului Bighorn la începutul anului.