Em 1955, Ing. Karel Hartl começou a considerar o cruzamento de lobos cinzentos dos Cárpatos com um pastor alemão (alemão: Deutscher Schäferhund, tcheco: Německý ovčák, eslovaco: Nemecký ovčiak) como um experimento científico nos canis militares da Tchecoslováquia. Alguns anos depois, no entanto, nasceu a ideia de estabelecer uma nova raça. Os primeiros híbridos de uma loba chamada Brita e um pastor alemão macho chamado Cézar nasceram em 26 de maio de 1958 em Libějovice.
Os filhotes da primeira geração se assemelhavam ao lobo na aparência e no comportamento. Sua educação foi difícil; o treinamento foi possível, mas os resultados dificilmente corresponderam ao esforço. Na idade adulta, eles foram novamente cruzados com pastores alemães, diminuindo a proporção de sangue de lobo para 6,25% na quarta geração. A maioria dos indivíduos da terceira e quarta gerações foram capazes de frequentar um curso normal e foram colocados no desempenho de serviço. Em comparação com os cães, eles tinham melhores habilidades de navegação, visão noturna, audição e olfato. Nas provas de resistência, os híbridos terminaram todo o percurso de 100 km sem se esgotarem.
Uma palestra do Ing. Karel Hartl, “Resultados do cruzamento de lobos com cães”, chamou a atenção na Exposição Canina Mundial realizada em junho de 1965 em Brno e em Praga na reunião anual da Fédération Cynologique Internationale (FCI) e no Congresso Cynologic Internacional. No ano seguinte, o Ing. Hartl compilou um esboço de padrão de uma nova raça de cães. O acasalamento do lobo Brita com o pastor alemão Kurt criou então a base de uma segunda linha. Uma terceira linha foi feita juntando o lobo Argo com a Pastora Alemã Asta do SNB. Em 1977, uma fêmea híbrida de terceira geração chamada Xela dos guardas de fronteira foi coberta pela loba Sarika; ele também acasalou com a fêmea Orta dos guardas de fronteira.
No entanto, a fundação de criação recusou repetidamente o reconhecimento e, na década de 1970, a maioria dos cães reprodutores foi transferida para os canis militares eslovacos perto de Malacky, sob a supervisão do vice-comandante Major František Rosík. Em 1971–1981, as ninhadas nasceram apenas na Eslováquia. Em 1982, o Clube dos Criadores de Wolfdog Tchecoslovacos (Klub chovatelů československého vlčáka) foi fundado em Brno, com autoridade sobre todo o território da antiga Tchecoslováquia.
Em 1982, a raça foi novamente apresentada para reconhecimento por František Rosík através do Clube dos Criadores de Wolfdog Checoslovacos (agora dividido em Clube da Raça Tcheca e Eslovaca), e desta vez, foi reconhecido pelas associações de criadores da Checoslováquia como uma raça nacional. A última adição de sangue de lobo ocorreu em 1983. O lobo Lejdy do Zoológico de Ohrada em Hluboká nad Vltavou deu origem à última linha da nova raça, cujo pai dos filhotes é o pastor alemão Bojar von Shottenhof. Desde então, a criação tem sido realizada apenas em populações fechadas e a referida raça desenvolvida como Wolfdogs checoslovacos.
Em 1989, foi provisoriamente reconhecido como FCI standard n.º 332, grupo 1, secção 1. Ganhou o título de “Campeão do Mundo” na Exposição Canina Mundial de Brno em 199 0. Dez anos depois, em 1999, a raça confirmou sua viabilidade e atendeu a todos os critérios da FCI, ganhando o reconhecimento total da raça Wolfdog Checoslovaco.
Em 2012, a raça chegava a 168 fêmeas adultas e 170 homens adultos oficialmente registrados na República Tcheca. Em janeiro de 2014, a maioria dos filhotes de cada ano eram registrados na Itália (até duzentos), na República Tcheca (cerca de 100) e na Eslováquia (cerca de 50). A popularidade da raça também está crescendo no Reino Unido, com vários cães-lobo tchecoslovacos trabalhando em busca e resgate, apoiados por um clube de raças dedicado.