Nada se sabe sobre a juventude de São Sebastião além do fato de que ele pode ter vindo do sul da França e ter sido educado em Milão. Ele ingressou o Exército Romano em 283 DC, ostensivamente para servir a outros Cristãos que estavam sendo perseguidos pelos Romanos. São Sebastião se distinguiu e por seu excelente serviço, ele foi promovido para servir na Guarda Pretoriana para proteger o Imperador Diocleciano.
Enquanto serviam como guarda pretoriana, Marcus e Marcellian, irmãos gêmeos, foram presos por se recusarem a fazer sacrifícios públicos aos deuses romanos. Os irmãos eram diáconos da Igreja Cristã. Durante a prisão, seus pais os visitaram para implora-lhes que renunciem ao cristianismo. No entanto, São Sebastião convenceu os pais a se converterem ao cristianismo. São Sebastião também converteu vários outros indivíduos proeminentes, incluindo o prefeito local.
Isso levou à sua descoberta e ele foi relatado como um cristão ao imperador Diocleciano em 286. O imperador, que já era famoso por ordenar a morte de centenas de cristãos, repreendeu Sebastian e ordenou que ele fosse morto por tê-lo amarrado a uma estaca em um campo de treinamento e usado como alvo.
Arqueiros crivaram seu corpo com flechas, seu corpo foi descrito como, “cheio de flechas como um ouriço”. Os arqueiros, considerados mortos, deixaram seu corpo para serem recuperados e enterrados. Ele foi resgatado por Irene de Roma, cujo marido cristão era um servo de Diocleciano e também martirizado. Irene descobriu que Sebastian ainda estava vivo e ela o escondeu e cuidou dele para recuperá-lo.
Uma vez bem, Sebastian foi em busca de Diocleciano para surpreendê-lo. Ele conseguiu pegar Diocleciano por uma escada e passou a criticá-lo em voz alta e publicamente por sua perseguição aos cristãos. Diocleciano, surpreso por Sebastian ainda estar vivo, ficou imediatamente surpreso, mas recuperou a compostura. Desta vez, ele não permitiria que Sebastian escapasse com vida. Ele ordenou que seu ex-guarda fosse espancado até a morte com cassetetes e, em seguida, jogado nos esgotos.
Seu corpo foi recuperado por uma mulher cristã, chamada Lucina, que o enterrou secretamente nas catacumbas sob Roma.
Quase 80 anos após sua morte, por volta de 367, seus restos mortais foram transferidos para uma basílica em Roma, construída pelo Papa Dâmaso I. Seu corpo, ou pelo menos algumas relíquias de seu corpo, foram supostamente removidos e compartilhados com um comunidade de monges na França. Seu crânio foi enviado para um mosteiro alemão onde foi colocado em uma caixa de prata especial em 934. A relíquia permanece em sua caixa hoje em um relicário especial em Ebersberg.
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St. Sebastian era comumente invocado como protetor contra a peste. De acordo com registros históricos, ele defendeu a cidade de Roma contra a peste em 680. Sua associação com a peste pode ser porque ele sobreviveu sendo atingido por flechas e, na crença pagã, a peste foi liberada por flechas disparadas pelos deuses acima. Até os romanos cristãos apreciariam esse simbolismo. Esse simbolismo é até capturado em obras de arte desde a Renascença, onde os artistas pintaram as vítimas da peste com setas pretas no corpo.
Na obra de arte, São Sebastião é retratado com flechas atiradas em seu corpo, muitas vezes amarradas a um post ou uma árvore. Sua segunda execução virtualmente nunca é retratada.
St. Sebastião é o santo padroeiro dos soldados, atletas e daqueles que desejam uma morte santa.