A Southeastern University foi fundada em 1935 em New Brockton, Alabama, pelo superintendente do Distrito das Assembléias de Deus do Alabama, J.C. Thames, e outros líderes do distrito do sudeste como o Alabama Shield of Faith Institute. Foi renomeado Instituto Bíblico do Sudeste (SEBI) em 1936. Originalmente localizado em um antigo prédio de escola secundária em New Brockton, Alabama, ele abriu suas portas para estudantes em 4 de novembro de 1935, sob a direção de quatro membros do corpo docente. Dois anos depois, em maio de 1937, foram realizados os primeiros exercícios de formatura. Dezessete alunos receberam diplomas para o programa acadêmico de dois anos.
O SEBI continuou as aulas em New Brockton até 1940, quando foi tomada a decisão de consolidar a escola com o Instituto Bíblico Beulah Heights em Atlanta, Geórgia. A escola era conhecida de 1940 a 1942 como Beulah Heights – Instituto Bíblico do Sudeste. No outono de 1942, os superintendentes distritais dos distritos do sudeste aceitaram o convite do Rev. Ralph Byrd e sua congregação para mudar a escola para outro local em Atlanta, onde foi mais uma vez rebatizada de SEBI. Em 1946, a diretoria da escola votou para garantir um local permanente para o desenvolvimento completo da escola. Um novo campus foi comprado no final daquele ano em Lakeland, Flórida. O campus de Atlanta foi vendido e o desenvolvimento do novo local O crescimento do corpo discente continuou no novo campus central da Flórida junto com o programa acadêmico.
Capela de Bush
O SEBI tornou-se o South-Eastern Bible College em 1956, quando a escola começou a oferecer programas de bacharelado de quatro anos. Depois de adicionar graus de educação, a diretoria da faculdade mudou o nome da escola para Southeastern College das Assembléias de Deus em 1977. Em 1986, a Southeastern recebeu o credenciamento regional da Associação Sul de Faculdades e da Comissão de Escolas de Faculdades. O credenciamento foi reafirmado em 1991, 2001 e 2011. Em 2005, Southeastern College tornou-se oficialmente Southeastern University, e começou a oferecer seus primeiros programas de mestrado, e formou faculdades de artes e ciências, negócios, ministérios cristãos e religião e educação. Desde então, a universidade também formou faculdades de ciências comportamentais e sociais e ciências naturais e da saúde. Em 2014, iniciou seu primeiro programa de doutorado, o EdD.
Em 2011, a Southeastern empreendeu diversas iniciativas que resultaram em rápido crescimento. De 2.500 alunos em 2012, a escola expandiu para 4.538 no outono de 2015, uma taxa de crescimento de 78% desde 2011. Em 2012, o Sudeste aprovou a adição de um curso de enfermagem e a adição de um time de futebol universitário. A expansão do futebol incluiu a construção de um estádio com capacidade para 3.500 espectadores e um centro de treinamento atlético. O time de futebol Southeastern Fire jogou sua primeira partida em casa no outono de 2014. Além disso, em 2014, a escola inaugurou novas instalações de beisebol e futebol. Em 2015, a construção começou em vários novos edifícios acadêmicos, um novo complexo atlético incluindo um ginásio e uma pista de 8 pistas. No outono de 2015, a Southeastern inaugurou um novo prédio de 27.000 pés quadrados para Ciências Naturais e da Saúde. A nova instalação inclui um auditório, laboratórios de química, laboratórios de informática, salas de exames, salas de atendimento ao paciente e um laboratório de simulação de enfermagem. O verão de 2015 testemunhou a demolição do Spence Hall, do Lindsey Science Building e do Music Hall para dar lugar ao Live / Learn Facility, conhecido como Buena Vida. A instalação de 125.000 pés quadrados foi concluída no outono de 2016 e inclui salas de aula, escritórios do corpo docente, alojamento para estudantes e uma praça de alimentação. O primeiro segmento do Buena Vida, a Sala de Coral e Ensaio, foi inaugurado em setembro. O custo total do programa de expansão ficará entre US $ 25 e US $ 50 milhões.
A Southeastern oferece 55 bacharelado, 16 mestrado e dois doutorados. Desde que o presidente Kent J. Ingle veio para o sudeste em 2011, a universidade lançou 80 locais de extensão em todo o país, um aumento em relação aos 50 locais de extensão do ano anterior. Os locais estão em 29 estados, incluindo a Flórida, que tem 19. O os graus oferecidos nos locais incluem uma variedade de grau de associado, bacharelado e mestrado em ministério e liderança.