A terra que o Six Flags Hurricane Harbor Splashtown ocupa agora era, no início dos anos 1980, o lar de um parque temático conhecido como Hanna-Barbera Land. A Hanna-Barbera Land operou apenas por duas temporadas antes de seus proprietários, a Kings Entertainment Company, venderem o parque para investidores privados. O parque de diversões teve todas as suas atrações removidas, com os novos proprietários instalando um parque aquático com vários toboáguas. Grande parte dos prédios vitorianos, luzes da rua e paisagismo do parque permaneceram. Splashtown USA foi aberto ao público pouco depois.
Na década de 1990, o parque mudou de proprietário duas vezes: primeiro para a família Morris em 1994, e depois, para o Six Flags em maio de 1999. A aquisição foi feita pelo Six Flags para eliminar o parque de concorrente do parque aquático Six Flags WaterWorld, também localizado em Houston. O parque foi renomeado Six Flags SplashTown em 2000.
Após o fechamento do Six Flags WaterWorld e do Six Flags AstroWorld adjacente em outubro de 2005, o Six Flags se envolveu na reestruturação do Six Flags SplashTown, o que resultou no encerramento do gerente geral, gerente de operações e gerente de serviços de alimentação do parque no início de novembro de 2005. Em janeiro de 2006, foi anunciado que o ex-gerente de operações da WaterWorld seria o novo gerente de operações da Splashtown. Várias das atrações do WaterWorld foram realocadas para SplashTown. O parque passou por um “restauro” e também uma limpeza geral para prepará-lo para o dia de sua inauguração, 28 de abril de 2006. A entrada recebeu uma nova placa, com a adição de edifícios renovados e bilheterias.
Em janeiro de 2007, o Six Flags anunciou que o SplashTown, junto com seis outros parques, seria vendido por um total de US $ 312 milhões. O acordo viu o Six Flags vender as propriedades para a administração do PARC, que em A turn vendeu as propriedades para a CNL Lifestyle Properties. A CNL, então, alugaria as propriedades de volta para a PARC Management em um arrendamento líquido triplo de 52 anos. No entanto, após menos de três anos nos contratos de 52 anos, a CNL rescindiu seus contratos com a PARC Management em novembro de 2010. No início de 2011, a CNL nomeou a Premier Attractions Management, LLC (agora Premier Parks, LLC) como a nova operadora do parque. Na época, a empresa de responsabilidade limitada era liderada pelos ex-funcionários do Six Flags Kieran Burke, o antigo presidente e CEO, e Gary Story, o ex-presidente e diretor de operações.
Em novembro de 2013, a CNL Lifestyle Properties adquiriu os direitos da marca Wet “n” Wild nos Estados Unidos da empresa australiana Village Roadshow Theme Parques. Nos meses seguintes, a CNL mudou a marca de várias de suas propriedades para parques aquáticos Wet “n” Wild, incluindo SplashTown Houston, que se tornou Wet “n” Wild SplashTown. O próprio parque recebeu uma reforma multimilionária.
No final de 2016, a CNL Lifestyle Properties anunciou que estava vendendo a propriedade de quinze propriedades de atração, incluindo Wet “n” Wild Splashtown, junto com cinco pequenos centros de entretenimento familiar à EPR Properties por aproximadamente US $ 456 milhões. A transação foi concluída em abril de 2017. Premier Parks LLC permaneceu como operadora.
Em 22 de maio de 2018, Six Flags adquiriu os direitos de locação da Premier Parks LLC para administrar vários parques de propriedade da EPR Properties. Splashtown foi reformado na entressafra e em 2019 mudou seu nome para Six Flags Hurricane Harbor Splashtown.
Devido às crescentes preocupações com a pandemia COVID-19, o Six Flags anunciou a suspensão das operações em toda a empresa em março 13, 2020. Six Flags Hurricane Harbor Splashtown estava programado para abrir para a temporada de 2020 em 22 de maio, mas lançou uma nova data de abertura em 29 de junho. Em 26 de junho, três dias antes da nova data de inauguração, o parque aquático anunciou que seu a reabertura foi adiada indefinidamente para seguir as diretrizes do governo do condado local. No início de agosto, as autoridades do parque anunciaram que a temporada de operação de 2020 havia sido cancelada e que o Six Flags Hurricane Harbor Splashtown espera abrir novamente em 2021. Esta seria a primeira temporada para o parque aquático não operar desde seu início em 1984.