O clube tem suas raízes em uma viagem de 1889–1890 de William K. Vanderbilt, Edward Meade e Duncan Cryder a Biarritz, no sul da França, onde encontraram o campeão de golfe Willie Dunn , da Escócia, que estava construindo um campo de golfe no resort.
De volta aos Estados Unidos, Meade e Cryder procuraram um lugar para um campo de golfe perto da cidade de Nova York. Meade, conhecido por suas palhaçadas no comércio de commodities, estava convencido de que o interior do estado de Nova York seria o local ideal, mas Cryder preferia um terreno em Yonkers. No final das contas, eles escolheram os montes de areia adjacentes à Long Island Rail Road, a leste do Canal Shinnecock. O lote original de 80 acres (32 ha) foi comprado de desenvolvedores por US $ 2.500 e 44 membros originais se inscreveram por US $ 100 cada.
Willie Davis, o profissional de clube do Royal Montreal Club, projetou um campo de 12 buracos curso que foi inaugurado no final do verão de 1891. Membros da Shinnecock Indian Nation ajudaram a construir o curso, que fica na grande extensão de terra que a Nação afirma ter sido ilegalmente tirada deles por colonos anteriores da área em 1859. O Clube hoje honra sua conexão à herança da nação com seu emblema representando um chefe nativo americano. Stanford White projetou o clube de 1892, considerado o clube de golfe mais antigo dos Estados Unidos. Um campo de nove buracos exclusivo para mulheres foi projetado e construído em Shinnecock Hills em 1893, o primeiro campo de golfe feminino da história dos Estados Unidos.
1901
Em 1894, Dunn chegou e adicionou mais seis buracos, elevando o total para 18. Nesse mesmo ano Dunn venceu o torneio inaugural tentativa de estabelecer um campeonato nacional em Newport, Rhode Island, mas esta vitória não foi reconhecida como oficial. Mais tarde, em 1894, o Shinnecock Hills foi um dos cinco clubes fundadores da United States Golf Association, com sede na cidade de Nova York. A nova USGA realizou o primeiro U.S. Open em 1895 em Newport, Rhode Island.
Em 1896, o Shinnecock então com 5.000 jardas (4.570 m) sediou o segundo U.S. Open. Muitos jogadores quebraram 80 no evento de 36 buracos, o que levou a demandas para aumentar a dificuldade do campo. Participou do Aberto de 1896 o jogador profissional negro John Shippen, considerado por muitos historiadores como o primeiro profissional de golfe nascido nos EUA.
Em 1901, o campo para senhoras foi incorporado a um campo alongado e redesenhado por Charles B. Macdonald e Seth Raynor, mantendo cinco dos buracos originais de Dunn.
William Flynn amplamente redesenhado o campo em 1931 em uma configuração de 6.740 jardas (6.163 m). O projeto de Flynn retém cinco dos buracos de Macdonald e Raynor, e o verde de um sexto buraco projetado por aqueles dois. Antes do US Open de 2004, o campo foi estendido para 6.996 jardas (6.397 m) com a adição de tees extras.
Shinnecock Hills foi classificado em segundo lugar no ranking dos 100 melhores campos da Golf Digest 2007, 2008 e o terceiro em 2009.
Seu roteiro foi mantido, e vários novos tees foram adicionados, em preparação para o US Open 2018; o percurso foi estendido para 7.440 jardas, mantendo seu par de 70. Shinnecock Hills está programado para sediar o US Open 2026.
O clube também mantém um campo secundário de nove buracos para uso de seus membros.