Matthias Jakob Schleiden nasceu em Hamburgo em 5 de abril de 1804. Seu pai era o médico municipal de Hamburgo. Schleiden prosseguiu seus estudos jurídicos graduando-se em 1827. Ele então estabeleceu uma prática jurídica, mas após um período de depressão emocional e uma tentativa de suicídio, ele mudou de profissão.
Ele estudou ciências naturais na Universidade de Göttingen em Göttingen, Alemanha, mas transferiu-se para a Universidade de Berlim em 1835 para estudar plantas. Johann Horkel, tio de Schleiden, incentivou-o a estudar embriologia de plantas.
Ele logo desenvolveu seu amor pela botânica em uma busca em tempo integral. Schleiden preferia estudar a estrutura das plantas no microscópio. Como professor de botânica na Universidade de Jena, escreveu Contributions to our Knowledge of Phytogenesis (1838), em que afirmava que todas as plantas são compostas de células. Assim, Schleiden e Schwann foram os primeiros a formular o que era então uma crença informal como princípio da biologia igual em importância à teoria atômica da química. Ele também reconheceu a importância do núcleo da célula, descoberto em 1831 pelo botânico escocês Robert Brown, e percebeu sua conexão com a divisão celular.
Ele se tornou professor de botânica na Universidade de Dorpat em 1863. Ele concluiu que todas as partes das plantas são feitas de células e que um organismo vegetal embrionário surge de uma célula.
Ele morreu em Frankfurt am Main em 23 de junho de 1881.
Die Entwickelung der Meduse (“O Desenvolvimento dos Medusæ”), em Das Meer de Schleiden