Com a eclosão da Segunda Guerra Mundial, o Príncipe Louis escreveu ao primeiro-ministro francês, Édouard Daladier, oferecendo-se para servir no Exército francês. Sua oferta foi recusada, e então ele assumiu o nome de guerra de Louis Blanchard e ingressou na Legião Estrangeira Francesa, entrando em ação no Norte da África antes de ser desmobilizado em 1941, após o Segundo Armistício em Compiègne. Ele então se juntou à Resistência Francesa e foi preso pelos alemães depois de tentar cruzar os Pirineus em seu caminho para Londres para se juntar ao líder francês livre Charles de Gaulle. Após sua prisão, ele passou um tempo em várias prisões, incluindo Fresnes. Após sua libertação, ele se juntou ao grupo de resistência francesa Organization de Résistance dans l “Armee sob o nome de Louis Monnier. Outro membro da Brigada Charles Martel à qual ele pertenceu foi seu primo Joachim, Príncipe Murat, que foi morto em julho de 1944. Príncipe O próprio Luís escapou por pouco da morte um mês depois, quando, em 28 de agosto, foi gravemente ferido como parte de uma patrulha de sete homens que foi atacada; ele foi o único sobrevivente. Após sua recuperação, ele ingressou na Divisão Alpina e mais tarde foi condecorado por bravura.
Depois da guerra, ele viveu na Suíça e, irregularmente, em Paris até 1950, quando a lei de banimento contra os chefes das antigas dinastias governantes da França foi revogada.
O príncipe Louis tornou-se um empresário de sucesso, com vários interesses financeiros na África. Em 1951, o príncipe enviou uma coroa de flores em memória com a insígnia napoleônica “N” para o funeral de Guilherme, príncipe herdeiro alemão, filho do deposto Guilherme II, imperador alemão. Isso foi visto como um gesto irônico pelos monarquistas da época, dado o fato de que foi a Casa Alemã de Hohenzollern que derrotou e destronou a própria casa imperial de Luís Napoleão durante a Guerra Franco-Prussiana em 1870.
Após a morte do Príncipe Louis em Prangins, Suíça, ele designou seu neto, Príncipe Jean-Christophe Napoléon, como seu sucessor, contornando seu filho mais velho, Príncipe Charles Napoléon.