A amostragem da biópsia da mucosa gástrica na endoscopia diagnóstica fornece informações que não podem ser obtidas por outros meios. A indicação mais comum para biópsia gástrica é a necessidade de saber se o paciente está ou não infectado pelo Helicobacter pylori e se o estômago é gástrico ou não. O exame microscópico de amostras de biópsia gástrica, além do status de H. pylori, fornece informações sobre o grau, extensão e topografia das lesões relacionadas com gastrite e atrofia no estômago. Essas informações fornecem mais oportunidades para avaliar o risco e a probabilidade de vários distúrbios gástricos. São eles: a) A predominância ou restrição da gastrite relacionada ao H. pylori no antro está fortemente correlacionada com um risco aumentado de úlcera péptica, e de úlcera duodenal em particular (o fenótipo de úlcera duodenal da gastrite). b) A presença de gastrite atrófica (perda de glândulas normais) na região do corpo gástrico indica baixo risco de úlcera e também redução da capacidade do paciente de secretar ácido. c) A ocorrência de gastrite atrófica avançada e metaplasia intestinal multifocalmente no estômago (gastrite atrófica multifocal avançada), e na curvatura menor e incisura angular em particular, são características sugestivas de um risco aumentado de neoplasias gástricas (o fenótipo de câncer gástrico da gastrite ) d) A presença de mucosa gástrica normal e saudável indica, por outro lado, um risco extremamente baixo de úlcera péptica e câncer gástrico. Além do diagnóstico de lesões gástricas relacionadas ao H. pylori, as biópsias gástricas de rotina podem revelar achados que indicam formas especiais de gastrite, como gastrite eosinofílica, linfocítica, reativa ou granulomatosa (por exemplo, gastrite de Crohn) ou gastrite por Helicobacter heilmannii . Esses tipos de gastrite podem ser encontrados acidentalmente em uma pequena porcentagem de pacientes submetidos à gastroscopia diagnóstica por queixas abdominais.