Os cientistas usam três tipos diferentes de sondas FISH, cada uma delas com uma aplicação diferente:
cromossoma. Esse tipo de sonda é útil quando os cientistas isolaram uma pequena parte de um gene e desejam determinar em qual cromossomo o gene está localizado ou quantas cópias de um gene existem em um determinado genoma.
Alfóide ou sondas de repetição centromérica são geradas a partir de sequências repetitivas encontradas no meio de cada cromossomo. Os pesquisadores usam essas sondas para determinar se um indivíduo tem o número correto de cromossomos. Essas sondas também podem ser usadas em combinação com “sondas específicas de locus” para determinar se um indivíduo está faltando material genético de um cromossomo específico.
Sondas cromossômicas inteiras são, na verdade, coleções de sondas menores, cada uma das quais se liga a uma sequência diferente ao longo do comprimento de um determinado cromossomo. Usando várias sondas marcadas com uma mistura de diferentes corantes fluorescentes, os cientistas são capazes de rotular cada cromossomo em sua própria cor única. O mapa colorido resultante do cromossomo é conhecido como cariótipo espectral. Sondas cromossômicas inteiras são particularmente úteis para examinar anormalidades cromossômicas, por exemplo, quando um pedaço de um cromossomo é anexado ao final de outro cromossomo.
Para muitas aplicações, FISH foi amplamente substituído pelo uso de microarranjos . No entanto, FISH continua útil para alguns testes. FISH também pode ser usado para estudar comparações entre os arranjos cromossômicos de genes em espécies relacionadas.