Escoteiro e soldado
Durante a Guerra Civil Americana (1861-1865), Cody serviu pela primeira vez como um batedor da União em campanhas contra os Kiowa e Comanche e mais tarde (em 1863) alistou-se na Sétima Cavalaria de Kansas, que entrou em ação no Missouri e no Tennessee. Depois da guerra, ele trabalhou para o Exército dos EUA como batedor civil e portador de expedição de Fort Ellsworth, no Kansas (1866-1867). Em 1867-1868, ele caçou búfalos para alimentar as equipes de construção da Union Pacific Railroad. Durante esse tempo, ele teria abatido cerca de 4.280 cabeças de búfalos e logo se tornou conhecido como o campeão matador de búfalos das Grandes Planícies.
Cody adquiriu reputação não apenas por sua pontaria precisa, mas também por se lembrar totalmente do vasto terreno que havia atravessado, conhecimento dos costumes indígenas, coragem e resistência. Ele era requisitado como batedor e guia, principalmente para a Quinta Cavalaria dos Estados Unidos, durante grande parte da tentativa do governo de acabar com a resistência indígena ao assentamento das terras a oeste do Rio Mississippi (1868-76). Em 1872, o general Philip Sheridan arranjou para Cody e o tenente. O coronel George Armstrong Custer guiará o grão-duque Alexis da Rússia em uma viagem de caça que foi organizada pelo presidente dos EUA. Ulysses S. Grant. Naquele mesmo ano, Cody, que frequentemente assumia tarefas perigosas que outros recusavam, recebeu a Medalha de Honra por suas ações heróicas em 26 de abril como batedor de um contingente da Terceira Cavalaria que perseguia índios que haviam roubado cavalos do exército perto de Fort McPherson em Nebraska . (A homenagem foi revogada em 1916 como parte de uma revisão geral para identificar indivíduos que haviam recebido o prêmio, mas não eram tecnicamente membros do exército como oficiais ou alistados. Escoteiros foram classificados como civis. No entanto, o Exército dos EUA restaurou a medalha de Honra a Cody postumamente em 1989.) Durante seu serviço militar, a reputação de Cody continuou a crescer. Ao todo, acredita-se que ele tenha se envolvido em 16 lutas indígenas, incluindo seu muito divulgado escalpelamento (17 de julho de 1876) do guerreiro Cheyenne Cabelo Amarelo (erroneamente traduzido como Mão Amarela) no condado de Sioux, Nebraska, que foi saudado como um resposta ao massacre do comando de Custer na Batalha de Little Bighorn no início do ano.