W 1955 roku inż. Karel Hartl zaczął rozważać skrzyżowanie karpackich wilków szarych z owczarkami niemieckimi (niem. Deutscher Schäferhund, czeski: Německý ovčák, słow.: Nemecký ovčiak) jako eksperyment naukowy w hodowli wojskowej w Czechosłowacji. Jednak kilka lat później narodził się pomysł założenia nowej rasy. Pierwsze hybrydy samicy wilka o imieniu Brita i samca owczarka niemieckiego o imieniu Cézar urodziły się 26 maja 1958 r. W Libějovicach.
Szczenięta pierwszego pokolenia przypominały wilka wyglądem i zachowaniem. Ich wychowanie było trudne; szkolenie było możliwe, ale rezultaty nie dorównywały wysiłkowi. W wieku dorosłym hodowano je ponownie z owczarkami niemieckimi, zmniejszając udział krwi wilka do 6,25% w czwartym pokoleniu. Większość osób z trzeciego i czwartego pokolenia była w stanie uczęszczać na normalny kurs i mogli zostać przydzieleni do pełnienia służby. W porównaniu z psami mieli lepsze umiejętności nawigacyjne, widzenie w nocy, słuch i węch. W testach wytrzymałościowych hybrydy pokonały całą 100-kilometrową trasę bez wyczerpania.
Wykład inż. Karel Hartl, „Wyniki krzyżowania wilków z psami”, zwrócił szczególną uwagę na Światowej Wystawie Psów Rasowych, która odbyła się w czerwcu 1965 r. W Brnie oraz w Pradze na corocznym spotkaniu Międzynarodowej Federacji Cynologique (FCI) i Międzynarodowego Kongresu Kynologicznego. W następnym roku Ing. Hartl opracował projekt standardu dla nowej rasy psów. Krycie wilka Brity z owczarkiem niemieckim Kurtem stworzyło następnie podstawę dla drugiej linii. Trzecia linia powstała poprzez połączenie wilka Argo z suczką owczarka niemieckiego Asta z SNB. W 1977 roku, krzyżówka trzeciej generacji Xela ze straży granicznej została pokryta przez wilka Sarika; również pokrył się z samicą Orta ze straży granicznej.
Jednak założycielska hodowla wielokrotnie odmawiała uznania iw latach 70. większość psów hodowlanych została przeniesiona do słowackich hodowli wojskowych w pobliżu Malacky, pod nadzorem zastępcy dowódcy majora Františka Rosíka. W latach 1971–1981 mioty urodziły się tylko na Słowacji. W 1982 roku w Brnie powstał Klub Chovatelů československého vlčáka, który posiada władzę na całym terytorium byłej Czechosłowacji.
W 1982 roku rasa została ponownie zaprezentowana do uznania przez Františka Rosíka. poprzez Klub Hodowców Wilczaków Czechosłowackich (obecnie podzielony na Klub Ras Czeskich i Słowackich) i tym razem została uznana przez czechosłowackie stowarzyszenia hodowców za rasę krajową. Ostatni dodatek krwi wilka nastąpił w 1983 r. Wilk Lejdy Ohrada Zoo w Hluboká nad Vltavou urodziła ostatnią linię nowej rasy, ojcem szczeniąt był owczarek niemiecki Bojar von Shottenhof. Od tego czasu hodowla prowadzona jest wyłącznie w populacjach zamkniętych, a rasy jako Wilczaki Czechosłowackie.
W 1989 roku został prowizorycznie uznany za standard FCI nr 332, grupa 1, sekcja 1. Zdobył tytuł „Czempiona Świata” na Wystawie Światowej w Brnie w 199. 0. Dziesięć lat później, w 1999 roku, rasa potwierdziła swoją żywotność i spełniła wszystkie kryteria FCI, zdobywając pełne uznanie rasy wilczaków czechosłowackich.
W 2012 roku rasa liczyła 168 dorosłych samic i 170 dorosłe samce oficjalnie zarejestrowane w Czechach. Od stycznia 2014 roku najwięcej szczeniąt jest rejestrowanych każdego roku we Włoszech (do dwustu), w Czechach (około 100) i na Słowacji (około 50). Rasa zyskuje na popularności również w Wielkiej Brytanii, a wiele czechosłowackich wilczaków pracuje w Search and Rescue, wspieranych przez dedykowany Breed Club.