Southeastern University został założony w 1935 roku w New Brockton w stanie Alabama przez komisarza Assemblies of God Alabama District, J.C. Thames i innych przywódców okręgu południowo-wschodniego jako Alabama Shield of Faith Institute. W 1936 r. Został przemianowany na Południowo-Wschodni Instytut Biblijny (SEBI). Pierwotnie mieścił się w budynku dawnej szkoły średniej w New Brockton w stanie Alabama, a swoje podwoje otworzył 4 listopada 1935 r. Pod kierunkiem czterech wykładowców. Dwa lata później, w maju 1937 roku, odbyły się pierwsze ćwiczenia dyplomowe. Siedemnastu uczniów otrzymało dyplomy za dwuletni program akademicki.
SEBI kontynuował zajęcia w New Brockton do 1940 roku, kiedy to podjęto decyzję o połączeniu szkoły z Beulah Heights Bible Institute w Atlancie w stanie Georgia. Szkoła była znana od 1940 do 1942 roku jako Beulah Heights – Południowo-Wschodni Instytut Biblijny. Jesienią 1942 roku kuratorzy okręgów południowo-wschodnich okręgów przyjęli zaproszenie księdza Ralpha Byrda i jego kongregacji do przeniesienia szkoły w inne miejsce w Atlancie, gdzie ponownie przemianowano ją na SEBI. W 1946 r. Rada dyrektorów szkoły głosowała za zapewnieniem stałej lokalizacji dla pełnego rozwoju szkoły. Później w tym samym roku zakupiono nową lokalizację kampusu w Lakeland na Florydzie. Kampus w Atlancie został sprzedany, a budowa nowej lokalizacji w nowym kampusie w centrum Florydy, wraz z programem akademickim.
Bush Chapel
SEBI stało się South-Eastern Bible College w 1956 roku, kiedy szkoła zaczęła oferować czteroletnie studia licencjackie. Po dodaniu stopni edukacyjnych rada dyrektorów uczelni zmieniła nazwę szkoły na Southeastern College of the Assemblies of God w 1977 roku. W 1986 roku Southeastern uzyskała akredytację regionalną od Southern Association of Colleges and Schools Commission on Colleges. Akredytacja została potwierdzona w 1991, 2001 i 2011. W 2005 roku Southeastern College oficjalnie stał się Uniwersytetem Południowo-Wschodnim i zaczął oferować swoje pierwsze programy studiów magisterskich oraz utworzył kolegia sztuk i nauk ścisłych, biznesu, chrześcijańskich ministerstw i religii oraz edukacji. Od tego czasu uczelnia utworzyła również kolegia nauk behawioralnych i społecznych oraz nauk przyrodniczych i zdrowotnych. W 2014 roku rozpoczął swój pierwszy program doktorancki, EdD.
W 2011 roku Southeastern podjął kilka inicjatyw, które zaowocowały szybkim rozwojem. Z 2500 uczniów w 2012 r. Szkoła powiększyła się do 4538 jesienią 2015 r., Co oznacza wzrost o 78% od 2011 r. W 2012 r. Southeastern zatwierdziło dodanie programu pielęgniarskiego i utworzenie kolegialnej drużyny piłkarskiej. Ekspansja piłkarska objęła budowę stadionu na 3500 widzów oraz centrum treningu lekkoatletycznego. Drużyna piłkarska Southeastern Fire swój pierwszy mecz u siebie rozegrała jesienią 2014 roku. W 2014 roku szkoła otworzyła nowe boiska do baseballu i piłki nożnej. W 2015 r. Rozpoczęto budowę kilku nowych budynków akademickich, nowego kompleksu lekkoatletycznego z salą gimnastyczną i 8-torowym torem. Jesienią 2015 roku Southeastern otworzył nowy budynek nauk przyrodniczych i zdrowotnych o powierzchni 27 000 stóp kwadratowych. Nowy obiekt obejmuje audytorium, laboratoria chemiczne, pracownie komputerowe, sale egzaminacyjne, pokoje opieki nad pacjentami oraz laboratorium symulacji pielęgniarskiej. Latem 2015 roku zburzono Spence Hall, Lindsey Science Building i Music Hall, aby zrobić miejsce dla obiektu Live / Learn, znanego jako Buena Vida. Obiekt o powierzchni 125 000 stóp kwadratowych został ukończony jesienią 2016 roku i obejmuje sale lekcyjne, biura wydziałów, domy studenckie i strefę gastronomiczną. We wrześniu otwarto pierwszy segment Buena Vida, sali chóralnej i próbnej. Całkowity koszt programu ekspansji wyniesie od 25 do 50 milionów dolarów.
Southeastern oferuje 55 stopni licencjackich, 16 magisterskich i dwa doktoranckie. Odkąd prezydent Kent J. Ingle przybył do południowo-wschodniej części kraju w 2011 r., Uniwersytet uruchomił 80 witryn rozszerzających w całym kraju, co stanowi wzrost w porównaniu z 50 witrynami z poprzedniego roku. Są one zlokalizowane w 29 stanach, w tym na Florydzie, która ma 19. stopnie naukowe oferowane w tych witrynach obejmują różne stopnie naukowe, licencjackie i magisterskie z ministerstwa i przywództwa.