Ziemia, którą obecnie zajmuje Six Flags Hurricane Harbour Splashtown, była we wczesnych latach osiemdziesiątych domem dla parku rozrywki znanego jako Hanna-Barbera Land. Hanna-Barbera Land działała tylko przez dwa sezony, zanim jej właściciele, Kings Entertainment Company, sprzedali park prywatnym inwestorom. Z wesołego miasteczka usunięto wszystkie przejażdżki, a nowi właściciele zainstalowali park wodny z kilkoma zjeżdżalniami. Wiele z wiktoriańskich budynków parku, latarni ulicznych i elementów architektonicznych pozostało. Niedługo potem Splashtown USA zostało otwarte dla publiczności.
W latach 90-tych park dwukrotnie zmieniał właścicieli: najpierw rodzina Morrisów w 1994 roku, a następnie do Six Flags w maju 1999. Przejęcie zostało dokonane przez Six Flags w celu wyeliminowania konkurenta dla parku wodnego Six Flags WaterWorld, również znajdującego się w Houston. W 2000 r. park został przemianowany na Six Flags SplashTown.
Po zamknięciu Six Flags WaterWorld i sąsiedniego Six Flags AstroWorld w październiku 2005 r., Six Flags zaangażowało się w restrukturyzację Six Flags SplashTown, która doprowadziła do zwolnienia dyrektora generalnego parku, kierownika operacyjnego i kierownika ds. usług gastronomicznych na początku listopada 2005 r. W styczniu 2006 r. ogłoszono, że były dyrektor operacyjny WaterWorld zostanie nowym menedżerem operacyjnym Splashtown. Kilka atrakcji WaterWorld zostało przeniesionych do SplashTown. Park przeszedł „lifting” oraz generalne sprzątanie w celu przygotowania go do otwarcia 28 kwietnia 2006 roku. Wejście otrzymało nowy znak, a także odnowione budynki i budki biletowe.
W styczniu 2007 firma Six Flags ogłosiła, że SplashTown, wraz z sześcioma innymi parkami, zostanie sprzedane za łączną kwotę 312 milionów dolarów. Zgodnie z umową Six Flags sprzedał te nieruchomości zarządowi PARC, który w z kolei sprzedał nieruchomości CNL Lifestyle Properties. CNL wydzierżawiłaby następnie nieruchomości z powrotem PARC Management w ramach 52-letniej dzierżawy potrójnej sieci. Jednak po mniej niż trzech latach obowiązywania 52-letnich umów CNL rozwiązało umowy z PARC Management w listopadzie 2010 r. Na początku 2011 r. CNL wyznaczyło Premier Attraction Management, LLC (obecnie Premier Parks, LLC) na nowych operatorów parku. W tym czasie spółką z ograniczoną odpowiedzialnością kierował były pracownicy Six Flags, Kieran Burke, poprzedni przewodniczący i CEO oraz Gary Story, były prezes i dyrektor operacyjny.
W listopadzie 2013 roku CNL Lifestyle Properties nabyło prawa do marki Wet „n” Wild w Stanach Zjednoczonych od australijskiej firmy Village Roadshow Theme Parki. W następnych miesiącach CNL zmieniło nazwę kilku swoich nieruchomości na Wet „n” Wild, w tym SplashTown Houston, które stało się Wet „n” Wild SplashTown. Sam park został odnowiony za wiele milionów dolarów.
Pod koniec 2016 roku CNL Lifestyle Properties ogłosiło, że sprzedaje własność piętnastu atrakcyjnych nieruchomości, w tym Wet „n” Wild Splashtown, a także pięciu małych rodzinnych centrów rozrywki. na rzecz EPR Properties za około 456 milionów dolarów. Transakcja została sfinalizowana w kwietniu 2017 roku. Operatorem pozostał Premier Parks LLC.
W dniu 22 maja 2018 roku firma Six Flags nabyła prawa do dzierżawy od Premier Parks LLC, aby zarządzać kilkoma parkami należącymi do EPR Properties. Splashtown zostało odnowione poza sezonem, aw 2019 roku zmieniło nazwę na Six Flags Hurricane Harbour Splashtown.
Ze względu na rosnące obawy związane z pandemią COVID-19 firma Six Flags ogłosiła w marcu zawieszenie działalności w całej firmie 13 lutego 2020 r. Otwarcie Six Flags Hurricane Harbour Splashtown w sezonie 2020 zaplanowano na 22 maja, ale nowy termin otwarcia to 29 czerwca. ponowne otwarcie zostało opóźnione na czas nieokreślony w celu przestrzegania wytycznych władz lokalnych powiatów. Na początku sierpnia urzędnicy parku ogłosili, że sezon operacyjny 2020 został odwołany i że Six Flags Hurricane Harbour Splashtown ma nadzieję na ponowne otwarcie w 2021 roku. Będzie to pierwszy sezon, w którym park wodny nie będzie działał od jego powstania w 1984 roku.