Pierwotne stwardniające zapalenie dróg żółciowych to schorzenie, które atakuje drogi żółciowe. Te przewody przenoszą żółć (płyn, który pomaga trawić tłuszcze) z wątroby, gdzie żółć jest wytwarzana, do woreczka żółciowego 
, gdzie jest przechowywana, i do jelita cienkiego , gdzie pomaga w trawieniu. Pierwotne stwardniające zapalenie dróg żółciowych występuje z powodu zapalenia dróg żółciowych (zapalenie dróg żółciowych), które prowadzi do bliznowacenia (stwardnienia) i zwężenia przewodów. W rezultacie żółć nie może zostać uwolniona do woreczka żółciowego i jelita cienkiego i gromadzi się w wątrobie .
Pierwotne stwardniające zapalenie dróg żółciowych rozpoznaje się zwykle w wieku około wieku 40 iz nieznanych przyczyn dwukrotnie częściej dotyka mężczyzn niż kobiety. Wiele osób nie ma żadnych oznak ani objawów choroby, gdy są zdiagnozowane, ale rutynowe badania krwi ujawniają problemy z wątrobą. Jeśli są widoczne, najwcześniejsze oznaki i objawy pierwotnego stwardniającego zapalenia dróg żółciowych obejmują skrajne zmęczenie (zmęczenie), dyskomfort w jamie brzusznej i silny świąd (świąd). Gdy stan się pogarsza, u osób dotkniętych chorobą może wystąpić zażółcenie skóry i białek oczu (żółtaczka) oraz powiększenie śledziony (splenomegalia). Ostatecznie nagromadzenie żółci uszkadza komórki wątroby, powodując przewlekłą chorobę wątroby (marskość) i niewydolność wątroby. Bez żółci, która mogłaby je strawić, tłuszcze przechodzą przez organizm. W rezultacie może dojść do utraty wagi i niedoborów witamin, które są wchłaniane i magazynowane w tłuszczach (witaminy rozpuszczalne w tłuszczach). Rozpuszczalna w tłuszczach witamina D pomaga wchłaniać wapń i pomaga w stwardnieniu kości, a jej brak może powodować przerzedzenie kości (osteoporoza ) u osób z pierwotnym stwardniającym zapaleniem dróg żółciowych.
Pierwotne stwardniające zapalenie dróg żółciowych często wiąże się z innym stanem zwanym nieswoistym zapaleniem jelit, który charakteryzuje się zapaleniem jelit powodującym otwarte wrzody jelitowe i ból brzucha. Jednak powód tego linku jest niejasny. Około 70 procent osób z pierwotnym stwardniającym zapaleniem dróg żółciowych cierpi na nieswoiste zapalenie jelit, najczęściej w postaci wrzodziejącego zapalenia jelita grubego. Ponadto osoby z pierwotnym stwardniającym zapaleniem dróg żółciowych są bardziej narażone na zaburzenia autoimmunologiczne, takie jak cukrzyca typu 1, celiakia lub choroba tarczycy, niż osoby bez tej choroby. Choroby autoimmunologiczne występują, gdy układ odpornościowy działa nieprawidłowo i atakuje tkanki i narządy organizmu. Osoby z pierwotnym stwardniającym zapaleniem dróg żółciowych mają również zwiększone ryzyko zachorowania na raka, zwłaszcza raka dróg żółciowych (raka dróg żółciowych).