Budynek, w którym obecnie mieści się Museo Nacional del Prado, został zaprojektowany w 1785 roku przez hiszpańskiego architekta Oświecenia Juana de Villanueva na rozkaz Karola III, aby pomieścić Gabinet Historii. Ostateczna funkcja budynku została jednak podjęta dopiero wtedy, gdy wnuk monarchy Ferdynand VII, za namową swojej żony, królowej Marii Isabel de Braganza, zdecydował się wykorzystać go jako nowe Królewskie Muzeum Malarstwa i Rzeźby. Muzeum Królewskie, które wkrótce stało się znane jako Narodowe Muzeum Malarstwa i Rzeźby, a następnie Museo Nacional del Prado, zostało po raz pierwszy otwarte dla zwiedzających w listopadzie 1819 r. Powstało w podwójnym celu pokazania dzieł sztuka należąca do Korony Hiszpańskiej i zademonstrowanie reszcie Europy, że sztuka hiszpańska ma taką samą wartość jak każda inna szkoła narodowa. Ponadto muzeum to wymagało kilku renowacji w XIX i XX wieku ze względu na powiększanie się kolekcji, a także wzrost liczby publiczności, która chce zobaczyć całą kolekcję, którą miało Muzeum.
W głównej sali wystawowej, pierwsze piętro
Pierwszy katalog Muzeum, opublikowany w 1819 r. i poświęcony wyłącznie malarstwu hiszpańskiemu, zawierał 311 obrazów, chociaż w tym czasie Muzeum mieściło 1510 z różnych rezydencji królewskich, Reales Sitios, w tym dzieła z innych szkół. Niezwykle ważna kolekcja królewska, która stanowi zalążek obecnego Museo del Prado, zaczęła się znacznie powiększać w XVI wieku za czasów Karola V i była kontynuowana za kolejnych monarchów Habsburgów i Burbonów. Ich wysiłki i determinacja doprowadziły do wzbogacenia Królewskiej Kolekcji o niektóre arcydzieła, które można teraz zobaczyć w Prado. Należą do nich Zejście z krzyża Rogiera van der Weydena, Ogród rozkoszy ziemskich Hieronymousa Boscha, Rycerz z ręką na piersi El Greco, Śmierć Dziewicy Mantegny, Święta Rodzina, znana jako „La Perla „, autorstwa Raphaela, Karola V w Mülhbergu Tycjana, Chrystusa myjącego stopy uczniów Tintoretto, Autoportret Dürera, Las Meninas Velázqueza, Trzy Gracje Rubensa i Rodzina Karola IV Goi.
Oprócz dzieł z hiszpańskiej kolekcji królewskiej inne zbiory powiększyły się i wzbogaciły Muzeum o kolejne arcydzieła, takie jak dwie Maja Goi Wśród obecnie nieczynnych muzeów, których zbiory zostały dodane do zbiorów Prado w ere Museo de la Trinidad w 1872 roku i Museo de Arte Moderno w 1971 roku. Ponadto liczne spuścizny, darowizny i zakupy miały kluczowe znaczenie dla rozwoju kolekcji. Różne dzieła weszły do Prado z Museo de la Trinidad, w tym Fontanna Łaski Szkoły Van Eycka, ołtarze Santo Domingo i San Pedro Martír namalowane dla klasztoru Santo Tomás in Ávila przez Pedro Berruguete oraz pięć płócien autorstwa El Greco stracony dla Colegio de doña María de Aragón. Większość XIX-wiecznych obrazów Muzeum pochodzi z dawnego Museo de Arte Moderno, w tym dzieła Madrazosa, José de Madrazo y Agudo i Federico de Madrazo, Vicente Lópeza, Carlosa de Haesa, Eduardo Rosalesa i Sorolli.
Po deportacji Izabeli II w 1868 r. muzeum zostało znacjonalizowane i otrzymało nową nazwę „Museo del Prado”. W budynku mieściła się królewska kolekcja dzieł sztuki, która szybko okazała się zbyt mała. muzeum odbyło się w 1918 roku. Od czasu powstania Museo del Prado do jego kolekcji włączono ponad 2300 obrazów, a także liczne rzeźby, grafiki, rysunki i dzieła sztuki poprzez zapisy, darowizny i zakupy, które stanowią większość Nowe nabytki Liczne zapisy wzbogaciły zbiory Muzeum, m.in. znakomitą kolekcję medali pozostawioną Muzeum przez Pabla Boscha; rysunki i przedmioty zdobnicze pozostawione przez Pedro Fernándeza Durána, a także arcydzieło Van der Weydena, Duran Madonna oraz zapis Ramóna de Errazu z XIX-wiecznych obrazów. Szczególnie ważne darowizny obejmują dar Baróna Emile d „Erlangera” Goyas Black Paintings w 1881 roku. Wśród wielu dzieł, które trafiły do kolekcji w drodze zakupu, znajdują się wybitne prace nabyte w ostatnich latach, w tym dwie prace El Greco, The Fable i The Flight to Egypt nabyte w 1993 i 2001 roku, Goyas Hrabina Chinchon kupiła w 2000 r. Portret Ferdinanda Brandaniego Velázqueza nabyty w 2003 r. I Madonna Granatu Fra Angelico zakupiona w 2016 r.
Pomiędzy 1873 a 1900 rokiem Prado pomagał dekorować ratusze, nowe uniwersytety i kościoły. Podczas Drugiej Republiki Hiszpańskiej od 1931 do 1936 skupiono się na rozwoju muzeów prowincjonalnych. Podczas hiszpańskiej wojny domowej, na polecenie Ligi Narodów, pracownicy muzeum usunęli 353 obrazy, 168 rysunków oraz skarb Delfina i wysłali dzieła do Walencji, a następnie do Girony, a na koniec do Genewy. miał zostać zwrócony przez terytorium Francji nocnymi pociągami do muzeum po rozpoczęciu II wojny światowej. We wczesnych latach dyktatury Francisco Franco wiele obrazów wysłano do ambasad.
Nad głównym wejściem na promenadę dominuje ten brązowy posąg Diego Velázqueza z 1899 r. Autorstwa Aniceto Marinas
Główny budynek został powiększony o krótkie pawilony z tyłu w latach 1900-1960. Kolejnym rozszerzeniem było włączenie dwóch budynków (w pobliżu, ale nie przylegających) do struktury instytucjonalnej muzeum: Casón del Buen Retiro, który jest wyposażony do wyświetlania do 400 obrazów, które zawierały większość dzieł sztuki XX wieku od 1971 do 1 997 oraz Salón de Reinos (budynek tronu), dawniej Muzeum Armii.
W 1993 roku rozbudowa zaproponowana przez ówczesnego dyrektora Prado, Felipe Garina, została szybko porzucona po fali krytyka. Pod koniec lat 90. za 14 milionów dolarów prace dachowe zmusiły arcydzieło Velázqueza, Las Meninas, do dwukrotnej zmiany galerii. W 1998 roku aneks Prado w pobliskim Casón del Buen Retiro został zamknięty z powodu dwuletniego remontu o wartości 10 milionów dolarów, który obejmował trzy nowe poziomy podziemne. W 2007 r. Muzeum w końcu zrealizowało projekt Rafaela Moneo, aby powiększyć swoją salę wystawową do 16 000 metrów kwadratowych, mając nadzieję na zwiększenie rocznej liczby odwiedzających z 1,8 do 2,5 mln.
Kafeteria w przedłużeniu podziemnym autorstwa Rafaela Moneo
Teraz foyer ze szklanym dachem w kształcie klina zawiera sklepy i kawiarnię muzeum, usuwając je z głównego budynku, aby zrobić więcej miejsca dla galerii. XVI-wieczny krużganek Jerónimo został usunięty kamień po kamieniu, aby stworzyć fundamenty dla zwiększenia stabilności otaczających budynków i zostanie ponownie zmontowany w nowej rozbudowie muzeum. Aby zapobiec upadkowi ścian piwnic, konieczne było użycie podnośników hydraulicznych. Rozbudowa to podziemny budynek, który łączy główny budynek z innym całkowicie odnowionym.
W listopadzie 2016 roku ogłoszono, że brytyjski architekt Norman Foster, we wspólnym projekcie z Carlosem Rubio Carvajalem, ma odnowić Hall of Realms, która niegdyś stanowiła część pałacu Buen Retiro i przekształcić ją w rozbudowę Prado o wartości 32 milionów dolarów. Muzeum ogłosiło wybór Fostera i Rubio po tym, jak jury przeanalizowało propozycje ośmiu finalistów konkursu – w tym Davida Chipperfield, Rem Koolhaas i Eduardo Souto de Moura – którzy zostali już zakwalifikowani na wstępnej liście 47 międzynarodowych zespołów architektów. Budynek został zakupiony przez Prado w 2015 r., po służbie jako muzeum armii do 2005 r. Projekt ma zapewnić Prado około 61 500 stóp kwadratowych dodatkowej dostępnej przestrzeni, z czego około 27 000 stóp kwadratowych zostanie wykorzystane do wystawiania prac.