Matthias Jakob Schleiden urodził się w Hamburgu 5 kwietnia 1804 r. Jego ojciec był miejskim lekarzem Hamburga. Schleiden ukończył studia prawnicze, które ukończył w 1827 r. Następnie założył praktykę prawniczą, ale po okresie depresji emocjonalnej i próby samobójczej zmienił zawód.
Studiował nauki przyrodnicze na Uniwersytecie w Getyndze w Getyndze w Niemczech, ale przeniósł się na Uniwersytet w Berlinie w 1835 roku, aby badać rośliny. Johann Horkel, wujek Schleidena, zachęcił go do studiowania embriologii roślin.
Wkrótce przekształcił swoją miłość do botaniki w zajęcie na pełen etat. Schleiden wolał badać strukturę roślin pod mikroskopem. Jako profesor botaniki na Uniwersytecie w Jenie, napisał Contributions to our Knowledge of Phytogenesis (1838), w którym stwierdził, że wszystkie rośliny składają się z komórek. W ten sposób Schleiden i Schwann jako pierwsi sformułowali to, co było wówczas nieformalnym przekonaniem jako zasadę biologii na równi z atomową teorią chemii. Uznał też znaczenie jądra komórkowego, odkrytego w 1831 roku przez szkockiego botanika Roberta Browna, i wyczuł jego związek z podziałem komórki.
Został profesorem botaniki na Uniwersytecie w Dorpat w 1863 roku. Doszedł do wniosku, że wszystkie części roślin są zbudowane z komórek, a embrionalny organizm roślinny powstaje z jednej komórki.
Zmarł we Frankfurcie nad Menem 23 czerwca 1881 roku.
Die Entwickelung der Meduse („Rozwój Medusæ”), w Das Meer Schleiden