W momencie wybuchu drugiej wojny światowej książę Louis napisał do francuskiego premiera Édouarda Daladiera, oferując służbę we francuskiej armii. Jego oferta została odrzucona, więc przyjął pseudonim Louisa Blancharda i wstąpił do Francuskiej Legii Cudzoziemskiej, biorąc udział w walkach w Afryce Północnej, zanim został zdemobilizowany w 1941 roku po drugim zawieszeniu broni w Compiègne. Następnie dołączył do francuskiego ruchu oporu i został aresztowany przez Niemców po tym, jak próbował przekroczyć Pireneje w drodze do Londynu, aby dołączyć do przywódcy Wolnej Francji, Charlesa de Gaullea. Po aresztowaniu spędził czas w różnych więzieniach, w tym we Fresnes. Po uwolnieniu wstąpił do francuskiej grupy ruchu oporu Organization de Résistance dans l „Armee pod nazwiskiem Louis Monnier. Innym członkiem Brygady Karola Martela, do której należał, był jego kuzyn Joachim, książę Murat, który zginął w lipcu 1944 r. Książę Sam Louis ledwo uniknął śmierci miesiąc później, kiedy 28 sierpnia został ciężko ranny podczas ataku na siedmioosobowy patrol; był jedynym ocalałym. Po odzyskaniu zdrowia wstąpił do Dywizji Alpejskiej i został później odznaczony za odwagę.
Po wojnie mieszkał w Szwajcarii i nieregularnie w Paryżu do 1950 r., kiedy to zniesiono prawo o wygnaniu przywódców dawnych dynastii rządzących Francji.
Książę Louis stał się odnoszącym sukcesy biznesmenem, mającym liczne interesy finansowe w Afryce. W 1951 roku książę wysłał wieniec pamiątkowy z napoleońskimi insygniami „N” na pogrzeb Wilhelma, niemieckiego księcia koronnego, syna obalonego cesarza niemieckiego Wilhelma II. Było to postrzegane jako ironiczny gest przez rojalistów, biorąc pod uwagę fakt, że to niemiecki ród Hohenzollernów pokonał i zdetronizował własny cesarski dom Ludwika Napoleona podczas wojny francusko-pruskiej w 1870 roku.
Po śmierci księcia Ludwika w Prangins w Szwajcarii wyznaczył swojego wnuka, księcia Jeana-Christophea Napoléona, na swojego następcę, omijając swojego starszego syna, księcia Karola Napoleona.