Klub ma swoje korzenie w wyprawie Williama K. Vanderbilta, Edwarda Meadea i Duncana Crydera w latach 1889–1890 do Biarritz w południowej Francji, gdzie spotkali mistrza golfa Williego Dunna ze Szkocji, który budował pole golfowe w ośrodku.
W Stanach Zjednoczonych Meade i Cryder szukali miejsca na pole golfowe w pobliżu Nowego Jorku. Meade, znany ze swoich kowbojskich wybryków handlowych, był przekonany, że północna część stanu Nowy Jork byłaby idealną lokalizacją, ale Cryder wolał działkę w Yonkers. Ostatecznie wybrali piaszczyste wzgórza przylegające do Long Island Rail Road, na wschód od kanału Shinnecock. Oryginalna działka o powierzchni 80 akrów (32 ha) została zakupiona od deweloperów za 2500 $, a 44 członków zapisało się po 100 $ za sztukę.
Willie Davis, zawodowiec z Royal Montreal Club, zaprojektował 12-dołkową kurs, który został otwarty późnym latem 1891 r. Członkowie Shinnecock Indian Nation pomogli w budowie toru, który znajduje się na dużym obszarze ziemi, który został im nielegalnie odebrany przez wcześniejszych osadników z tego obszaru w 1859 r. Klub honoruje dziś swoje połączenie do dziedzictwa Narodu z godłem przedstawiającym wodza rdzennych Amerykanów. Stanford White zaprojektował klub z 1892 roku, uważany za najstarszy klub golfowy w Stanach Zjednoczonych. Dziewięciodołkowe pole tylko dla kobiet zostało zaprojektowane i zbudowane w Shinnecock Hills w 1893 roku, pierwszym polu golfowym dla kobiet w historii Ameryki.
1901
W 1894 roku Dunn przybył i dodał sześć kolejnych dołków, co dało w sumie 18. W tym samym roku Dunn wygrał turniej, który był inauguracyjnym próba ustanowienia mistrzostw kraju w Newport, Rhode Island, ale to zwycięstwo nie zostało uznane za oficjalne. Później w 1894 roku Shinnecock Hills był jednym z pięciu klubów założycielskich United States Golf Association, założonych w Nowym Jorku. Nowy USGA zorganizował pierwszy turniej US Open w 1895 roku w Newport w stanie Rhode Island.
W 1896 roku na ówczesnym 5000 jardów (4570 m) Shinnecock gościł drugi turniej US Open. Wielu graczy złamało 80 punktów w 36-dołkowym turnieju, co doprowadziło do postulatów zwiększenia trudności pola. W 1896 Open wziął udział czarny zawodowy gracz John Shippen, uważany przez wielu historyków za pierwszego golfistę urodzonego w USA.
W 1901 roku tor dla kobiet został włączony do wydłużonego i przeprojektowanego pola golfowego Charlesa B. Macdonalda i Setha Raynora, zachowując pięć oryginalnych dołków Dunna.
William Flynn gruntownie przeprojektował pole w 1931 roku w konfigurację 6 740 jardów (6 163 m). Projekt Flynna zachowuje pięć dołków Macdonalda i Raynora oraz zieleń szóstego dołka zaprojektowanego przez tych dwóch. Przed US Open w 2004 roku pole zostało przedłużone do 6 996 jardów (6 397 m) przez dodanie dodatkowych tee.
Shinnecock Hills zajęło drugie miejsce w rankingu 100 najlepszych pól Golf Digest dla 2007, 2008 i trzeci w 2009.
Jego trasa została zachowana, a kilka nowych tee zostało dodanych w ramach przygotowań do 2018 US Open; pole zostało przedłużone do 7440 jardów, zachowując par 70. Shinnecock Hills ma być gospodarzem US Open 2026.
Klub prowadzi również 9-dołkowe pole dodatkowe dla swoich członków.