Biopsja błony śluzowej żołądka podczas diagnostycznej endoskopii dostarcza informacji, których nie można uzyskać innymi metodami. Najczęstszym wskazaniem do wykonania biopsji żołądka jest potrzeba poznania, czy pacjent jest zakażony Helicobacter pylori i czy żołądek ma zapalenie żołądka, czy nie. Badanie mikroskopowe wycinków żołądka, oprócz statusu H. pylori, dostarcza informacji o stopniu, rozległości i topografii zmian chorobowych żołądka związanych z zapaleniem żołądka i atrofią. Informacje te dają dalsze możliwości oceny ryzyka i prawdopodobieństwa wystąpienia różnych chorób żołądka. Są to: a) Przewaga lub ograniczenie zapalenia błony śluzowej żołądka wywołanego przez H. pylori w części odbytowej silnie koreluje ze zwiększonym ryzykiem choroby wrzodowej żołądka, a zwłaszcza wrzodu dwunastnicy (fenotyp zapalenia żołądka dwunastnicy). b) Obecność zanikowego zapalenia błony śluzowej żołądka (utrata normalnych gruczołów) w okolicy trzonu żołądka wskazuje na niskie ryzyko owrzodzenia, a także zmniejszenie zdolności pacjenta do wydzielania kwasu. c) Występowanie zaawansowanego zanikowego zapalenia błony śluzowej żołądka i metaplazji jelitowej wieloogniskowej w żołądku (zaawansowane wieloogniskowe zanikowe zapalenie błony śluzowej żołądka), aw szczególności w skrzydle mniejszym i nacięciu kątowym, są cechami wskazującymi na zwiększone ryzyko wystąpienia nowotworów żołądka (fenotyp raka żołądka nieżyt żołądka). ). d) Obecność normalnej i zdrowej błony śluzowej żołądka wskazuje z drugiej strony na wyjątkowo niskie ryzyko zarówno choroby wrzodowej, jak i raka żołądka. Oprócz rozpoznania zmian żołądka związanych z H. pylori, rutynowe biopsje żołądka mogą ujawnić wyniki wskazujące na szczególne formy zapalenia żołądka, takie jak eozynofilowe, limfocytowe, reaktywne lub ziarniniakowe zapalenie żołądka (np. Zapalenie żołądka Crohna) lub zapalenie żołądka wywołane przez Helicobacter heilmannii . Tego typu zapalenie błony śluzowej żołądka można znaleźć przypadkowo u niewielkiego odsetka pacjentów poddawanych diagnostycznej gastroskopii z powodu dolegliwości brzusznych.