Struktura i zakres historii
Tematem Herodota w jego Historii są wojny między Grecją a Persją (499–479 pne) i ich czynności wstępne. Historia została podzielona na dziewięć ksiąg (podział ten nie jest dziełem autora): Księgi I – V opisują tło wojen grecko-perskich; Księgi VI – IX zawierają historię wojen, których kulminacją jest opis inwazji perskiego króla Kserksesa na Grecję (Księga VII) oraz wielkie greckie zwycięstwa pod Salaminą, Plateją i Mycale w latach 480–479 pne. Historia składa się z dwóch części, z których jedna stanowi systematyczną narrację o wojnie w latach 480–479 wraz z jej wstępami od 499 r. (W tym powstanie jońskie i bitwa pod maratonem w księdze VI), a druga to historia rozwoju i organizacja imperium perskiego i opis jego geografii, struktury społecznej i historii.
Współcześni uczeni nie są zgodni co do tego, czy Herodot od początku miał na myśli ten układ, czy też zaczął od schematu tylko dla jednej części, albo opisu Persji, albo historii wojny, a jeśli tak, to z jakim. Jedna z prawdopodobnych opinii jest taka, że Herodot zaczynał od planu historii wojny, a później zdecydował się na opis samego imperium perskiego. Człowiek taki jak Herodot musiał zadać sobie pytanie, co oznacza siły inwazyjne dowodzone przez Persów. Herodot był pod głębokim wrażeniem nie tylko wielkich rozmiarów imperium perskiego, ale także zróżnicowanej i wielogłosowej natury jego armii, która była jednak zjednoczona w jednym dowództwie, w całkowitym przeciwieństwie do sił greckich z ich podziałami politycznymi i spornymi dowódcami, chociaż Grecy mieli wspólny język, religię i sposób myślenia oraz to samo poczucie co do tego, o co walczyli. Różnicę tę należało wyjaśnić swoim czytelnikom iw tym celu opisuje on imperium.
Logiczne powiązanie między dwiema głównymi sekcjami można znaleźć w relacji z Księgi VII o marszu Kserksesa na zachód. „ogromna armia od Sardes do Hellespont w drodze do przeprawy mostem łodzi do właściwej Grecji. Najpierw jest opowieść o arogancji i rozdrażnieniu Kserksesa, po której następuje kolejna o jego dzikim i autokratycznym okrucieństwie, a następnie jest długi, szczegółowy opis oddzielnych kontyngentów wojskowych armii maszerujących jak na paradę, po którym następuje szczegółowe wyliczenie wszystkich elementy narodowe i rasowe w ogromnej sile inwazyjnej.
Herodot opisuje historię i części składowe imperium perskiego w księgach I – IV. Jego metoda w opisie imperium polega na opisaniu każdego podziału nie w porządku geograficznym, ale raczej w sytuacji, gdy każdy z nich został podbity przez Persję – przez kolejnych perskich królów Cyrusa, Kambyzesa i Dariusza. (Jedynym wyjątkiem od tego układu jest Lidia, która jest traktowana na samym początku historii nie dlatego, że została podbita po raz pierwszy, ale dlatego, że była pierwszym obcym krajem, który zaatakował i podbił greckie miasta Azji Mniejszej.)
Po pierwszej części Księgi I, historii i opisie Lidii i jej podboju przez Persów, następuje historia samego Cyrusa, jego pokonanie Medów i opis właściwej Persji, jego ataku na Massagetów ( na północnym wschodzie, w kierunku Morza Kaspijskiego) i jego śmierć. Księga II zawiera następstwo Kambyzesa, syna Cyrusa, jego plan ataku na Egipt oraz niezwykle długą relację z tego wyjątkowego kraju i jego historii. Księga III opisuje podbój Egiptu przez Persów, niepowodzenie ich najazdów na południe (Etiopię) i zachód; szaleństwo i śmierć Kambyzesa; walki o sukcesję w Persji, kończące się wyborem Dariusza na nowego króla; zorganizowanie przez niego rozległego nowego imperium, z pewną uwagą na temat najbardziej odległych prowincji, aż do Baktrii i północno-zachodnich Indii; i wewnętrzne bunty stłumione przez Dariusza. Księga IV zaczyna się od opisu i historii ludów scytyjskich, od Dunaju po Don, których Dariusz zaproponował zaatakować, przekraczając Bosfor, oraz ich ziemi i Morza Czarnego.
Następnie następuje opowieść o perskiej inwazji na Scytię, która pociągnęła za sobą podporządkowanie kolejnych greckich miast, takich jak Bizancjum; o jednoczesnym ataku Persów z Egiptu na Libię, która została skolonizowana przez Greków; oraz opis tego kraju i jego kolonizacji. Księga V opisuje dalsze postępy Persów do Grecji właściwej od Hellespontu i poddanie Tracji i Macedonii oraz wielu innych greckich miast perskiej potędze, a następnie początek buntu greckich miast Ionii przeciwko Persji w 499 r., A więc do głównego temat całej pracy.