Najlepszy indyjski myśliwiec w Ameryce
Wraz z końcem wojny domowej rozwiązano żołnierzy amerykańskich ochotników. . Custer powrócił do stopnia kapitana regularnej armii, choć awansował do stopnia podpułkownika i został pełniącym obowiązki dowódcy nowo utworzonego 7. pułku kawalerii USA. W 1866 roku Custer i jego 7. kawaleria zgłosili się do zachodniego Kansas, aby wziąć udział w wyprawie generała dywizji Winfielda S. Hancocka, mającej na celu wzbudzenie podziwu wrogich Indian z równin, dzięki sile militarnej armii USA. Niezdolny do pomyślnego przystosowania się do indyjskiej wojny, Custer zaczął działać nieobliczalnie. Rozkazał rozstrzelać dezerterów bez procesu. Zamiast czekać na załadowanie zapasów w Fort Wallace, porzucił swój pułk i udał się do Fort Riley, aby odwiedzić swoją żonę. Sąd wojenny w Fort Leavenworth uznał Custera za winnego wykroczenia w 1867 roku i zawiesił go w randze i wynagrodzeniu na rok.
Custer i jego żona, Elizabeth (Libbie) Bacon Custer, byli sobie głęboko oddani i po rozstaniu pisali długie, pełne pasji listy. Byli partnerami w romantycznym pogoni za chwałą i sławą Custera, grając role kawalera i jego damy. Mówiono, że Custer miał teatralną prezencję i wrażliwość. Perfumował swoje kaskadowe blond włosy i wzbogacił swoje często specjalistyczne mundury (od brokatowej, aksamitnej marynarki podczas wojny secesyjnej po kożuchy żołnierzy z pogranicza na Zachodzie) o czerwony krawat i duży kapelusz z szerokim rondem (który również chronił jego jasną skórę przed oparzenie słoneczne).
Niezdolność armii do podporządkowania sobie Indian z równin skłoniła zwierzchników Custera do dania żołnierzowi z jego agresywnym instynktem drugiej szansy. Przywrócili go do służby przed wygaśnięciem wyroku sądu wojennego, a we wrześniu 1868 roku powrócił do 7. Kawalerii w południowo-zachodnim Kansas. W listopadzie jego dowództwo zaskoczyło i zniszczyło wioskę czarnego kotła, wodza południowych Czejenów, nad rzeką Washita. (Black Kettle i jego ludzie byli już celem kontrowersyjnego niespodziewanego ataku armii w 1864 roku, znanego jako masakra w Sand Creek). Ten nieco wątpliwy sukces – uważa się, że większość Indian to kobiety, dzieci i starsi ludzi, a nie wojowników – było to pierwsze większe zwycięstwo armii nad plemionami Południowych Równin po wojnie domowej i ugruntowało reputację Custera jako najlepszego amerykańskiego wojownika indyjskiego, którego zachował długo po tym, jak wyczyny innych oficerów przewyższyły jego.
W 1874 roku Custer poprowadził ekspedycję w celu zbadania pogłosek o złożach złota w Black Hills na Terytorium Dakoty (obecnie w zachodniej Dakocie Południowej i północno-wschodnim Wyoming). Region został uznany przez traktat za święty teren łowiecki potężnego Lakota Siuksów. Jednak przesadne doniesienia Custera wywołały gorączkę złota, a rząd USA nakazał Siuksom i ich sojusznikom z północnych Czejenów przeniesienie się do rezerwatów do 31 stycznia 1876 roku lub uznanie ich za „wrogich”.