Naukowcy używają trzech różnych typów sond FISH, z których każda ma inne zastosowanie:
Sondy specyficzne dla miejsca wiążą się z określonym regionem chromosom. Ten typ sondy jest przydatny, gdy naukowcy wyizolowali niewielką część genu i chcą określić, na którym chromosomie znajduje się gen lub ile kopii genu znajduje się w określonym genomie.
Alphoid lub centromerowe sondy powtórzeniowe są generowane z powtarzalnych sekwencji znajdujących się w środku każdego chromosomu. Naukowcy używają tych sond do określenia, czy dana osoba ma odpowiednią liczbę chromosomów. Sondy te można również stosować w połączeniu z „sondami specyficznymi dla miejsca” w celu określenia, czy osobnikowi brakuje materiału genetycznego z określonego chromosomu.
Sondy całych chromosomów są w rzeczywistości kolekcjami mniejszych sond, z których każda inna sekwencja na długości danego chromosomu. Używając wielu sond znakowanych mieszaniną różnych barwników fluorescencyjnych, naukowcy są w stanie oznaczyć każdy chromosom własnym, unikalnym kolorem. Powstała w ten sposób pełnokolorowa mapa chromosomu jest znana jako kariotyp spektralny. Sondy całych chromosomów są szczególnie przydatne do badania anomalii chromosomowych, na przykład, gdy fragment jednego chromosomu jest przyłączony do końca innego chromosomu.
W wielu zastosowaniach FISH został w dużej mierze zastąpiony przez zastosowanie mikromacierzy . Jednak FISH pozostaje przydatna w niektórych testach. FISH można również wykorzystać do badania porównań między chromosomowymi układami genów u pokrewnych gatunków.