Funkcje pierwotnych struktur międzymózgowia
Uważa się, że wzgórze jest rodzajem tablicy rozdzielczej informacji działać jako przekaźnik między różnymi obszarami podkorowymi a korą mózgową. W szczególności każdy układ czuciowy (z wyjątkiem układu węchowego) zawiera jądro wzgórza, które odbiera sygnały czuciowe i wysyła je do powiązanego pierwotnego obszaru korowego. Wzgórze odgrywa również ważną rolę w regulowaniu stanów snu i czuwania. Jądra wzgórzowe mają silne wzajemne połączenia z korą mózgową, tworząc obwody wzgórzowo-korowo-wzgórzowe, które uważa się za związane ze świadomością. Wzgórze odgrywa główną rolę w regulowaniu pobudzenia, poziomu świadomości i aktywności. Uszkodzenie wzgórza może prowadzić do trwałej śpiączki.
Podwzgórze łączy się z gałką bladą, podstawnym jądrem śródmózgowia. Odbiera aferentne połączenia z istoty czarnej i prążkowia oraz reguluje ruchy mięśni szkieletowych.
Podwzgórze pełni liczne funkcje życiowe (np. Regulację pewnych procesów metabolicznych), z których większość jest bezpośrednio lub pośrednio związana z regulacją czynności trzewne za pośrednictwem innych obszarów mózgu i autonomicznego układu nerwowego. Syntetyzuje i wydziela pewne neurohormony, często nazywane hormonami uwalniającymi podwzgórze, które z kolei stymulują lub hamują wydzielanie hormonów przysadki mózgowej. Podwzgórze kontroluje temperaturę ciała, głód, pragnienie, zmęczenie, sen i cykle okołodobowe.
Nabłonek działa jako połączenie między układem limbicznym a innymi częściami mózgu. Niektóre funkcje jej składników obejmują wydzielanie melatoniny przez szyszynkę (zaangażowaną w rytmy okołodobowe) oraz regulację dróg motorycznych i emocji.