En 1955, el Ing. Karel Hartl comenzó a considerar cruzar un lobo gris de los Cárpatos con un pastor alemán (alemán: Deutscher Schäferhund, checo: Německý ovčák, eslovaco: Nemecký ovčiak) como un experimento científico en las perreras militares en Checoslovaquia. Unos años más tarde, sin embargo, nació la idea de establecer una nueva raza. Los primeros híbridos de una loba llamada Brita y un pastor alemán macho llamado Cézar nacieron el 26 de mayo de 1958 en Libějovice.
Los cachorros de la primera generación se parecían al lobo en apariencia y comportamiento. Su crianza fue difícil; el entrenamiento era posible, pero los resultados apenas igualaron el esfuerzo. En la edad adulta, fueron nuevamente cruzados con pastores alemanes, disminuyendo la proporción de sangre de lobo al 6.25% en la cuarta generación. La mayoría de los individuos de la tercera y cuarta generación pudieron asistir a un curso normal y podrían ser colocados en desempeño de servicio. En comparación con los perros, tenían mejores habilidades de navegación, visión nocturna, audición y sentido del olfato. En las pruebas de resistencia, los híbridos terminaron toda la ruta de 100 km sin agotarse.
Una conferencia del Ing. Karel Hartl, «Resultados de cruzar lobos con perros», atrajo gran atención en la Exposición Canina Mundial celebrada en junio de 1965 en Brno y en Praga en la reunión anual de la Fédération Cynologique Internationale (FCI) y el Congreso Cinológico Internacional. Al año siguiente, el Ing. Hartl compiló un borrador de estándar de una nueva raza de perros. El apareamiento del lobo Brita con el pastor alemán Kurt creó la base de una segunda línea. Una tercera línea se hizo uniendo al lobo Argo con la pastor alemán Asta del SNB. En 1977, una hembra híbrida de tercera generación llamada Xela de los guardias fronterizos fue cubierta por el lobo Sarika; también se emparejó con la hembra Orta de los guardias fronterizos.
Sin embargo, la fundación de la raza rechazó repetidamente el reconocimiento, y en la década de 1970, la mayoría de los perros reproductores fueron trasladados a las perreras militares eslovacas cerca de Malacky, bajo la supervisión del vicecomandante mayor František Rosík. En 1971–1981, las camadas nacieron solo en Eslovaquia. En 1982, se fundó en Brno el Club de criadores de perros lobo checoslovacos (Klub chovatelů československého vlčáka), con autoridad sobre todo el territorio de la antigua Checoslovaquia.
En 1982, la raza fue presentada nuevamente para su reconocimiento por František Rosík a través del Club de Criadores de Perros Lobo Checoslovaco (ahora dividido en Club de Razas Checoslovaco y Eslovaco), y esta vez, fue reconocido por las asociaciones de criadores checoslovacos como una raza nacional. La última incorporación de sangre de lobo tuvo lugar en 1983. El lobo Lejdy del zoológico de Ohrada en Hluboká nad Vltavou dio a luz a la última línea de la nueva raza, siendo el padre de los cachorros el pastor alemán Bojar von Shottenhof. Desde entonces, la cría se ha llevado a cabo solo en poblaciones cerradas y la raza desarrollada se refiere como perros lobo checoslovacos.
En 1989, fue reconocido provisionalmente como estándar de la FCI nº 332, grupo 1, sección 1. Ganó el título de «Campeón del Mundo» en la Exposición Canina Mundial de Brno en 199 0. Diez años después, en 1999, la raza confirmó su viabilidad y cumplió con todos los criterios de la FCI, obteniendo el pleno reconocimiento de la raza Perro lobo checoslovaco.
En 2012, la raza contaba con 168 hembras adultas y 170 varones adultos registrados oficialmente en la República Checa. En enero de 2014, la mayoría de los cachorros se registran cada año en Italia (hasta doscientos), en la República Checa (alrededor de 100) y en Eslovaquia (alrededor de 50). La raza también está creciendo en popularidad en el Reino Unido, con una serie de perros lobo checoslovacos trabajando en búsqueda y rescate, con el apoyo de un club de razas dedicado.