In 1955, Ing. Karel Hartl begon het kruisen van een Karpatische grijze wolven met een Duitse herder (Duits: Deutscher Schäferhund, Tsjechisch: Německý ovčák, Slowaaks: Nemecký ovčiak) te overwegen als een wetenschappelijk experiment bij de militaire kennels in Tsjecho-Slowakije. Een paar jaar later ontstond echter het idee om een nieuw ras op te richten. De eerste hybriden van een vrouwelijke wolf genaamd Brita en een mannelijke Duitse herder genaamd Cézar werden geboren op 26 mei 1958 in Libějovice.
Puppys van de eerste generatie leken op de wolf qua uiterlijk en gedrag. Hun opvoeding was moeilijk; training was mogelijk, maar de resultaten trokken nauwelijks aan bij de inspanning. Op volwassen leeftijd werden ze opnieuw gefokt met Duitse herders, waardoor het aandeel wolvenbloed daalde tot 6,25% in de vierde generatie. De meeste individuen van de derde en vierde generatie konden een normale cursus volgen en konden in dienst worden gesteld. In vergelijking met honden hadden ze betere navigatievaardigheden, nachtzicht, gehoor en reukvermogen. Bij uithoudingsproeven legden hybriden de volledige route van 100 km af zonder uitgeput te zijn.
Een lezing van Ing. Karel Hartl, “Resultaten van het kruisen van wolven met honden”, bracht veel aandacht op de World Dog Show in juni 1965 in Brno en in Praag op de jaarlijkse bijeenkomst van de Fédération Cynologique Internationale (FCI) en het International Cynologic Congress. In het volgende jaar, Ing. Hartl stelde een conceptstandaard samen van een nieuw hondenras. Het paren van de wolf Brita met de Duitse herder Kurt creëerde vervolgens de basis van een tweede lijn. Een derde lijn werd gemaakt door de wolf Argo te vervoegen met de vrouwelijke Duitse herder Asta van de SNB. In 1977 werd een derde generatie hybride vrouw genaamd Xela van de grenswachten gedekt door de wolf Sarika; hij ging ook gepaard met de vrouwelijke Orta van de grenswachten.
De ras-in-foundation weigerde echter herhaaldelijk erkenning en in de jaren zeventig werden de meeste fokhonden overgebracht naar de Slowaakse militaire kennels in de buurt van Malacky, onder toezicht van vice-commandant majoor František Rosík. In 1971–1981 werden alleen in Slowakije nesten geboren. In 1982 werd de Club van Tsjechoslowaakse Wolfhondenfokkers (Klub chovatelů československého vlčáka) opgericht in Brno, met gezag over het hele grondgebied van voormalig Tsjecho-Slowakije.
In 1982 werd het ras opnieuw ter erkenning aangeboden door František Rosík via de Club van Tsjechoslowaakse Wolfhondenfokkers (nu onderverdeeld in Tsjechische en Slowaakse Rasclub), en deze keer werd het door de Tsjechoslowaakse fokkersverenigingen erkend als een nationaal ras. De laatste toevoeging van wolvenbloed vond plaats in 1983. De wolf Lejdy van Ohrada Zoo in Hluboká nad Vltavou beviel van de laatste lijn van het nieuwe ras, de vader van de pups is de Duitse herder Bojar von Shottenhof. Sinds die tijd wordt er alleen gefokt in gesloten populaties en wordt het ontwikkelde ras genoemd als Tsjechoslowaakse Wolfhonden.
In 1989 werd het voorlopig erkend als FCI-standaard nr. 332, groep 1, sectie 1. Het won de titel van “Wereldkampioen” op de Wereldhondenshow in Brno in 199 0. Tien jaar later, in 1999, bevestigde het ras zijn levensvatbaarheid en voldeed het aan alle criteria van de FCI, waardoor het volledige erkenning kreeg van het Tsjechoslowaakse Wolfhond-ras.
In 2012 telde het ras 168 volwassen vrouwtjes en 170 volwassen mannen officieel geregistreerd in Tsjechië. Sinds januari 2014 worden de meeste pups elk jaar geregistreerd in Italië (tot tweehonderd), in Tsjechië (ongeveer 100) en in Slowakije (ongeveer 50). Het ras groeit ook in populariteit in het VK, met een aantal Tsjechoslowaakse Wolfhonden die werken in Search and Rescue, ondersteund door een toegewijde Rasclub.