Southeastern University werd in 1935 opgericht in New Brockton, Alabama door de hoofdinspecteur van het Assemblies of God Alabama District, J.C. Thames en andere districtsleiders in het zuidoosten, zoals het Alabama Shield of Faith Institute. Het werd omgedoopt tot het South-Eastern Bible Institute (SEBI) in 1936. Oorspronkelijk gevestigd in een voormalig middelbare schoolgebouw in New Brockton, Alabama, opende het zijn deuren voor studenten op 4 november 1935, onder leiding van vier faculteitsleden. Twee jaar later, in mei 1937, werden de eerste afstudeeroefeningen gehouden. Zeventien studenten ontvingen diplomas voor het tweejarige academische programma.
SEBI ging door met lessen in New Brockton tot 1940, toen werd besloten de school te consolideren met het Beulah Heights Bible Institute in Atlanta, Georgia. De school stond van 1940 tot 1942 bekend als het Beulah Heights – South-Eastern Bible Institute. In de herfst van 1942 accepteerden de districtssuperintendenten van de zuidoostelijke districten de uitnodiging van dominee Ralph Byrd en zijn congregatie om de school naar een andere locatie in Atlanta te verhuizen, waar ze opnieuw de naam SEBI kreeg. In 1946 stemde de raad van bestuur van de school voor een permanente locatie voor de volledige ontwikkeling van de school. Later dat jaar werd een nieuwe campuslocatie gekocht in Lakeland, Florida. De campus van Atlanta werd verkocht en de ontwikkeling van de nieuwe locatie begon. De groei van het studentenlichaam zette zich voort op de nieuwe centrale campus van Florida, samen met het academische programma.
Bush Chapel
SEBI werd South-Eastern Bible College in 1956 toen de school begon met het aanbieden van vierjarige bacheloropleidingen. Na het toevoegen van diplomas, veranderde de raad van bestuur van de hogeschool in 1977 de naam van de school in Southeastern College of the Assemblies of God. In 1986 kreeg Southeastern regionale accreditatie door de Southern Association of Colleges and Schools Commission on Colleges. Accreditatie werd opnieuw bevestigd in 1991, 2001 en 2011. In 2005 werd Southeastern College officieel Southeastern University, en begon het zijn eerste masteropleidingen aan te bieden, en vormde de hogescholen voor kunst en wetenschappen, het bedrijfsleven, christelijke bedieningen en religie, en onderwijs. Sindsdien heeft de universiteit ook de hogescholen voor gedrags- en sociale wetenschappen en natuur- en gezondheidswetenschappen gevormd. In 2014 startte het zijn eerste doctoraatsprogramma, de EdD.
In 2011 ondernam Southeastern verschillende initiatieven die resulteerden in een snelle groei. Van 2.500 studenten in 2012, breidde de school zich uit tot 4.538 in de herfst van 2015, een groei van 78% sinds 2011. In 2012 keurde Southeastern de toevoeging van een verpleegprogramma en de toevoeging van een universiteitsvoetbalteam goed. De voetbaluitbreiding omvatte de bouw van een stadion met plaats voor 3.500 toeschouwers en een trainingscentrum voor atletiek. Het voetbalteam Southeastern Fire speelde hun eerste thuiswedstrijd in het najaar van 2014. Ook opende de school in 2014 nieuwe honkbal- en voetbalfaciliteiten. In 2015 is begonnen met de bouw van verschillende nieuwe academische gebouwen, een nieuw atletiekcomplex met een gymzaal en een 8-baans baan. In het najaar van 2015 opende Southeastern een nieuw gebouw van 27.000 vierkante meter in Natural and Health Sciences. De nieuwe faciliteit omvat een auditorium, chemielaboratoria, computerlabs, examenruimten, kamers voor patiëntenzorg en een verpleegsimulatielab. In de zomer van 2015 werden Spence Hall, Lindsey Science Building en de Music Hall gesloopt om plaats te maken voor de Live / Learn Facility, bekend als Buena Vida. De 125.000 vierkante meter grote faciliteit werd voltooid in de herfst van 2016 en omvat klaslokalen, faculteitskantoren, studentenhuisvesting en een food court. Het eerste deel van Buena Vida, de koor- en oefenruimte, werd in september geopend. De totale kosten van het uitbreidingsprogramma zullen tussen de $ 25 en $ 50 miljoen bedragen.
Southeastern biedt 55 bachelors, 16 masterdiplomas en twee doctoraatsgraden. Sinds president Kent J. Ingle in 2011 naar Southeastern kwam, heeft de universiteit 80 uitbreidingssites in het hele land gelanceerd, een stijging ten opzichte van de 50 uitbreidingssites van het voorgaande jaar. De sites bevinden zich in 29 staten, waaronder Florida, dat er 19. De graden die op de sites worden aangeboden, omvatten een verscheidenheid aan associate-, bachelor- en een masterdiploma in bediening en leiderschap.