Het land dat Six Flags Hurricane Harbor Splashtown nu bezet, was begin jaren tachtig de thuisbasis van een themapark dat bekend staat als Hanna-Barbera Land. Hanna-Barbera Land was slechts twee seizoenen actief voordat de eigenaren, Kings Entertainment Company, het park aan particuliere investeerders verkochten. Alle attracties van het pretpark zijn verwijderd en de nieuwe eigenaren hebben een waterpark met verschillende waterglijbanen geïnstalleerd. Veel van de Victoriaanse gebouwen, straatverlichting en landschapsarchitectuur van het park zijn gebleven. Splashtown USA ging kort daarna open voor het publiek.
In de jaren negentig veranderde het park twee keer van eigenaar: eerst aan de familie Morris in 1994 en vervolgens naar Six Flags in mei 1999. De overname werd gedaan door Six Flags om te voorkomen dat het park een concurrent zou worden van het Six Flags WaterWorld-waterpark, ook gelegen in Houston. Het park werd in 2000 omgedoopt tot Six Flags SplashTown.
Na de sluiting van Six Flags WaterWorld en het aangrenzende Six Flags AstroWorld in oktober 2005, begon Six Flags met een herstructurering van Six Flags SplashTown, wat resulteerde in de beëindiging van de General Manager, Operations Manager en Food Service Manager van het park. begin november 2005. In januari 2006 werd aangekondigd dat de voormalige Operations Manager van WaterWorld de nieuwe Splashtown Operations Manager zou worden. Verschillende attracties van WaterWorld zijn verplaatst naar SplashTown. Het park onderging een “facelift” en een algemene schoonmaak om het voor te bereiden op de openingsdag, 28 april 2006. De ingang kreeg een nieuw bord, aangevuld met gerenoveerde gebouwen en kassas.
In januari 2007 kondigde Six Flags aan dat SplashTown, samen met zes andere parken, zou worden verkocht voor in totaal $ 312 miljoen. Door de overeenkomst verkocht Six Flags de eigendommen aan PARC Management, die in turn verkocht de eigendommen aan CNL Lifestyle Properties. CNL zou de eigendommen vervolgens terug verhuren aan PARC Management onder een 52-jarige triple-net huurovereenkomst. Echter, na minder dan drie jaar in de 52-jarige contracten, beëindigde CNL hun overeenkomsten met PARC Management in november 2010. Begin 2011 benoemde CNL Premier Attracties Management, LLC (nu Premier Parks, LLC) als de nieuwe exploitanten van het park. Destijds werd de vennootschap met beperkte aansprakelijkheid geleid door voormalig Six Flags-medewerkers Kieran Burke, de voormalige Voorzitter en CEO, en Gary Story, de voormalige president en chief operating officer.
In november 2013 verwierf CNL Lifestyle Properties de rechten op het merk Wet “n” Wild in de Verenigde Staten van het Australische bedrijf Village Roadshow Theme Parken. In de maanden die volgden, veranderde CNL een aantal van haar eigendommen in Wet “n” Wild waterparken, waaronder SplashTown Houston, dat Wet “n” Wild SplashTown werd. Het park zelf kreeg een renovatie van miljoenen dollars.
Eind 2016 kondigde CNL Lifestyle Properties aan dat het eigendom verkocht van vijftien attractie-eigendommen, waaronder Wet “n” Wild Splashtown, samen met vijf kleine familie-uitgaanscentra. aan EPR Properties voor ongeveer $ 456 miljoen. De transactie werd in april 2017 afgerond. Premier Parks LLC bleef als exploitant.
Op 22 mei 2018 verwierf Six Flags de huurrechten van Premier Parks LLC om verschillende parken te beheren die eigendom zijn van EPR Properties. Splashtown is in het laagseizoen gerenoveerd en in 2019 veranderde de naam in Six Flags Hurricane Harbor Splashtown.
Vanwege de groeiende bezorgdheid over de COVID-19-pandemie, kondigde Six Flags in maart een opschorting van de activiteiten van het bedrijf aan. 13, 2020. Six Flags Hurricane Harbor Splashtown zou op 22 mei voor het seizoen 2020 opengaan, maar bracht een nieuwe openingsdatum uit op 29 juni. Op 26 juni, drie dagen voorafgaand aan de nieuwe openingsdatum, kondigde het waterpark aan dat het de heropening werd voor onbepaalde tijd uitgesteld om te voldoen aan de richtlijnen van de lokale provinciale overheid. Begin augustus kondigden parkfunctionarissen aan dat het exploitatieseizoen 2020 was geannuleerd en dat Six Flags Hurricane Harbor Splashtown ernaar uitkijkt om in 2021 weer open te gaan. Dit zou het eerste seizoen zijn dat het waterpark niet meer operationeel is sinds het begin in 1984.