De club vindt zijn oorsprong in een reis van 1889-1890 door William K. Vanderbilt, Edward Meade en Duncan Cryder naar Biarritz in Zuid-Frankrijk, waar ze kampioengolfer Willie Dunn ontmoetten , uit Schotland, die een golfbaan aan het bouwen was in het resort.
Terug in de Verenigde Staten zochten Meade en Cryder naar een plek voor een golfbaan in de buurt van New York City. Meade, bekend om zijn cowboyachtige capriolen die grondstoffen verhandelen, was ervan overtuigd dat de staat New York de ideale locatie zou zijn, maar Cryder gaf de voorkeur aan een perceel grond in Yonkers. Uiteindelijk kozen ze voor de zandheuvels die grenzen aan de Long Island Rail Road, net ten oosten van het Shinnecock Canal. Het originele pakket van 32 hectare werd gekocht van ontwikkelaars voor $ 2.500 en 44 oorspronkelijke leden schreven zich in voor $ 100 elk.
Willie Davis, de clubprofessional van de Royal Montreal Club, ontwierp een 12-holesgolfbaan. cursus die in de nazomer van 1891 werd geopend. Leden van de Shinnecock Indian Nation hielpen bij de bouw van de baan, die op het uitgestrekte land ligt waarvan de natie beweert dat ze illegaal van hen zijn afgenomen door eerdere kolonisten in het gebied in 1859. De club eert vandaag haar connectie naar het erfgoed van de natie met het embleem van een Indiaans opperhoofd. Stanford White ontwierp het clubhuis uit 1892, naar verluidt het oudste golfclubhuis in de Verenigde Staten. In Shinnecock Hills werd in 1893 een negen holes golfbaan voor dames ontworpen en gebouwd, de eerste golfbaan voor dames in de Amerikaanse geschiedenis.
1901
In 1894 arriveerde Dunn en voegde zes holes meer toe, waardoor het totaal op 18 kwam. Datzelfde jaar won Dunn het toernooi, wat een inaugurele poging om een nationaal kampioenschap te vestigen in Newport, Rhode Island, maar deze overwinning werd niet als officieel erkend. Later in 1894 was Shinnecock Hills een van de vijf oprichtende clubs van de United States Golf Association, gevestigd in New York City. De nieuwe USGA hield de eerste US Open in 1895 in Newport, Rhode Island.
In 1896 organiseerde de toenmalige – 5.000 km (4.570 m) Shinnecock de tweede US Open. Veel spelers braken 80 in het 36-holes evenement, wat leidde tot eisen om de moeilijkheidsgraad van de baan te vergroten. Deelname aan de Open 1896 was de zwarte profspeler John Shippen, volgens veel historici de eerste in de VS geboren golfprofessional.
In 1901 werd de damesbaan opgenomen in een verlengde en opnieuw ontworpen baan door Charles B. Macdonald en Seth Raynor, met behoud van vijf van de originele holes van Dunn.
William Flynn grondig herontworpen de baan in 1931 in een configuratie van 6.740 yard (6.163 m). Het ontwerp van Flynn behoudt vijf van de holes van Macdonald en Raynor, en de green van een zesde hole die door die twee is ontworpen. Voorafgaand aan de US Open in 2004 werd de baan verlengd tot een lengte van 6.996 yards (6.397 m) door de toevoeging van extra tees.
Shinnecock Hills stond op de tweede plaats in Golf Digests 100 Greatest Courses Ranking voor 2007, 2008 en derde in 2009.
De route bleef behouden en er werden verschillende nieuwe tees toegevoegd ter voorbereiding op de US Open van 2018; het parcours werd uitgebreid tot 7.440 yards, met behoud van zijn par van 70. In Shinnecock Hills wordt de US Open in 2026 georganiseerd.
De club heeft ook een secundaire baan met negen holes voor gebruik door haar leden.