Primaire scleroserende cholangitis is een aandoening die de galwegen aantast. Deze kanalen voeren gal (een vloeistof die helpt bij het verteren van vetten) van de lever, waar gal wordt geproduceerd, naar de galblaas 
, waar het wordt opgeslagen, en naar de dunne darm , waar het helpt bij de spijsvertering. Primaire scleroserende cholangitis treedt op vanwege een ontsteking in de galwegen (cholangitis) die leidt tot littekens (sclerose) en vernauwing van de kanalen. Als gevolg hiervan kan gal niet worden afgegeven aan de galblaas en dunne darm, en hoopt het zich op in de lever .
Primaire scleroserende cholangitis wordt meestal rond de leeftijd gediagnosticeerd 40, en om onbekende redenen treft het mannen twee keer zo vaak als vrouwen. Veel mensen hebben geen tekenen of symptomen van de aandoening wanneer ze worden gediagnosticeerd, maar routinematige bloedonderzoeken brengen leverproblemen aan het licht. Indien duidelijk, omvatten de eerste tekenen en symptomen van primaire scleroserende cholangitis extreme vermoeidheid (vermoeidheid), ongemak in de buik en ernstige jeuk (pruritus). Naarmate de toestand verergert, kunnen getroffen personen gele verkleuring van de huid en het oogwit (geelzucht) en een vergrote milt (splenomegalie) krijgen. Uiteindelijk beschadigt de ophoping van gal de levercellen, wat chronische leverziekte (cirrose) en leverfalen veroorzaakt. Als er geen gal beschikbaar is om ze te verteren, gaan vetten door het lichaam. Hierdoor kunnen gewichtsverlies en tekorten aan vitamines die worden opgenomen met en opgeslagen in vetten (in vet oplosbare vitamines) ontstaan. Een in vet oplosbare vitamine genaamd vitamine D helpt calcium te absorberen en helpt de botten te verharden, en een gebrek aan deze vitamine kan de botten dunner maken (osteoporose ) bij mensen met primaire scleroserende cholangitis.
Primaire scleroserende cholangitis wordt vaak geassocieerd met een andere aandoening, inflammatoire darmziekte genaamd, die wordt gekenmerkt door een ontsteking van de darmen die open zweren (zweren) in de darmen en buikpijn veroorzaakt. De reden voor deze link is echter onduidelijk. Ongeveer 70 procent van de mensen met primaire scleroserende cholangitis heeft een inflammatoire darmaandoening, meestal een vorm van de aandoening die bekend staat als colitis ulcerosa. Bovendien hebben mensen met primaire scleroserende cholangitis meer kans op een auto-immuunziekte, zoals diabetes type 1, coeliakie of schildklierziekte, dan mensen zonder de aandoening. Auto-immuunziekten treden op wanneer het immuunsysteem niet goed functioneert en de weefsels en organen van het lichaam aanvalt. Mensen met primaire scleroserende cholangitis hebben ook een verhoogd risico op het ontwikkelen van kanker, met name kanker van de galwegen (cholangiocarcinoom).