Septumperforaties worden beheerd met een veelvoud aan opties. De behandeling hangt vaak af van de ernst van de symptomen en de grootte van de perforaties. Over het algemeen zijn perforaties van het anterieure septum hinderlijker en symptomatischer. Perforaties van het posterieure septum, die voornamelijk iatrogeen optreden, worden vaak met eenvoudige observatie behandeld en zijn soms bedoeld als onderdeel van een schedelbasisoperatie. Septumperforaties die niet hinderlijk zijn, kunnen worden beheerd met eenvoudige observatie. Hoewel er geen septumperforatie spontaan zal sluiten, is het voor het merendeel van de septumperforaties die waarschijnlijk niet zullen krijgen een geschikte vorm van behandeling. Voor perforaties die bloeden of pijnlijk zijn, dient de eerste behandeling te bestaan uit bevochtiging en het aanbrengen van zalven op de perforatieranden om genezing te bevorderen. Mucosalisatie van de perforatieranden helpt pijn en terugkerende epistaxis te voorkomen en de meeste septumperforaties kunnen zonder chirurgie worden behandeld.
Voor perforaties waarbij anosmie of het verlies van geur en een aanhoudend fluiten een probleem zijn, het gebruik van een siliconen septalknop is een behandelingsoptie. Deze kunnen worden geplaatst terwijl de patiënt wakker is en meestal in de klinische setting. Hoewel complicaties bij het inbrengen van een knop minimaal zijn, kan de aanwezigheid van de knop voor de meeste patiënten hinderlijk zijn.
Voor patiënten die een definitieve sluiting wensen, is een operatie de enige optie. Voordat de kandidaatstelling voor chirurgische sluiting wordt bepaald, moet de etiologie van de perforatie worden bepaald. Dit vereist vaak een biopsie van de perforatie om auto-immuunoorzaken uit te sluiten. Als een bekende oorzaak, zoals cocaïne, het aanstootgevende middel is, moet ervoor worden gezorgd dat de patiënt het irriterende middel niet nog steeds gebruikt.
Voor degenen waarvan is vastgesteld dat ze medisch zijn goedgekeurd voor een operatie, de anatomische locatie en grootte van de perforatie moet worden bepaald. Vaak wordt dit gedaan met een combinatie van een CT-scan van de sinussen zonder contrast en een endoscopische evaluatie door een keel-, neus- en oorarts. Zodra de afmetingen zijn verkregen, zal de chirurg beslissen of het mogelijk is om de perforatie te sluiten. In de literatuur zijn meerdere benaderingen voor toegang tot het septum beschreven. Hoewel sublabiale en midfaciale degloving-benaderingen zijn beschreven, is de neuscorrectie de meest populaire benadering. Dit kunnen zowel open als gesloten methoden zijn. De open methode resulteert in een litteken op de columella, maar zorgt voor meer zichtbaarheid voor de chirurg. De gesloten methode maakt gebruik van een incisie helemaal aan de binnenkant van de neus. Het concept achter de sluiting omvat het samenbrengen van de randen van de slijmvliezen aan elke kant van de perforatie met minimale spanning. Een interpositietransplantaat wordt ook vaak gebruikt. Het tussenliggende transplantaat zorgt voor meer stabiliteit en ook voor structuur in het gebied van de perforatie. Klassiek werd een transplantaat van de hoofdhuid met behulp van temporalis fascia gebruikt. Kridel, et al., Beschreef eerst het gebruik van acellulaire dermis zodat er geen verdere incisies nodig zijn; ze rapporteerden een uitstekend sluitingspercentage van meer dan 90 procent. De algehele mate van sluiting van perforaties is variabel en wordt vaak bepaald door de vaardigheid van de chirurg en de gebruikte techniek. Vaak kiezen chirurgen die beweren dat de sluiting hoog is, perforaties die gemakkelijker te sluiten zijn. Een open neuscorrectie zorgt ook voor een betere toegang tot de neus om gelijktijdige nasale misvormingen te herstellen, zoals misvorming van de zadelneus, die optreden bij een septumperforatie.