Projecties van astrocyten strekken zich ook uit tot de wanden van de bloedvaten die deel uitmaken van het bloed -hersenen barrière en omringen die vaten vaak volledig. Deze projecties, astrocytische eindvoeten genoemd, lijken een cruciale rol te spelen bij de vorming van de bloed-hersenbarrière. Er wordt bijvoorbeeld gedacht dat ze betrokken zijn bij signalering die endotheelcellen ertoe aanzet om de nauwe overgangen te vormen die nodig zijn om de bloed-hersenbarrière te creëren. Ze lijken ook meerdere functies te hebben met betrekking tot het in stand houden van de bloed-hersenbarrière en mogelijk het tijdelijk openen van de barrière om belangrijke stoffen in speciale omstandigheden te laten passeren.
Hoewel de meeste bloedvaten in de hersenen zich in de bloed-hersenbarrière bevinden, zijn er enkele regios die geen bloed-hersenbarrière hebben, waardoor stoffen vrijer van het bloed naar de hersenen kunnen stromen en vice versa. De circumventriculaire organen zijn bijvoorbeeld een groep structuren zonder bloed-hersenbarrière die gecentreerd is rond de ventrikels van de hersenen. Men denkt dat bloedvaten in de circumventriculaire organen om een bepaalde reden meer doorlaatbaar zijn; de achterste hypofyse moet bijvoorbeeld hormonen rechtstreeks in de bloedbaan afgeven en het subfornicale orgaan is betrokken bij cardiovasculaire regulatie, wat toegang tot de bloedsomloop vereist om de hormoonspiegels in het bloed te controleren.
Hoewel de bloed-hersenbarrière een belangrijke beschermingslaag is tussen de perifere bloedcirculatie en de hersenen, kan het in bepaalde situaties problematisch zijn dat de toegang tot de hersenen zo beperkt is. Bijvoorbeeld, in het zeldzame geval dat er een infectie van de hersenen is, maakt de bloed-hersenbarrière de afgifte van antimicrobiële middelen aan de hersenen erg moeilijk; het belemmert ook de doorgang van antilichamen van het lichaam naar de hersenen. Hoewel in deze gevallen de bloed-hersenbarrière een belemmering voor de behandeling kan zijn, vormt het in het algemeen een essentiële buffer tussen het circulerende bloed van het lichaam en de hersenen.