Matthias Jakob Schleiden werd geboren in Hamburg op 5 april 1804. Zijn vader was de gemeentelijke arts van Hamburg. Schleiden studeerde rechten en studeerde af in 1827. Daarna vestigde hij een juridische praktijk, maar na een periode van emotionele depressie en een poging tot zelfmoord veranderde hij van beroep.
Hij studeerde natuurwetenschappen aan de Universiteit van Göttingen in Göttingen, Duitsland, maar stapte in 1835 over naar de Universiteit van Berlijn om planten te bestuderen. Johann Horkel, de oom van Schleiden, moedigde hem aan om plantenembryologie te studeren.
Hij ontwikkelde zijn liefde voor plantkunde al snel tot een voltijds streven. Schleiden gaf er de voorkeur aan om de structuur van planten onder de microscoop te bestuderen. Als professor in plantkunde aan de Universiteit van Jena, schreef hij Bijdragen aan onze kennis van de fytogenese (1838), waarin hij stelde dat alle planten uit cellen bestaan. Schleiden en Schwann waren dus de eersten die het toenmalige informele geloof als principe formuleerden. van biologie even belangrijk als de atoomtheorie van de scheikunde. Hij erkende ook het belang van de celkern, ontdekt in 1831 door de Schotse botanicus Robert Brown, en voelde het verband met celdeling.
Hij werd professor van de botanie aan de Universiteit van Dorpat in 1863. Hij concludeerde dat alle plantendelen uit cellen zijn gemaakt en dat een embryonaal plantenorganisme voortkomt uit de ene cel.
Hij stierf in Frankfurt am Main op 23 juni 1881.
Die Entwickelung der Meduse (“The Development of the Medusæ”), in Schleiden “s Das Meer