Bij het uitbreken van de Tweede Wereldoorlog schreef prins Louis aan de Franse premier, Édouard Daladier, waarin hij aanbood om in het Franse leger te dienen. Zijn aanbod werd afgewezen, en dus nam hij de nom de guerre van Louis Blanchard over en sloot zich aan bij het Franse Vreemdelingenlegioen, waar hij actie zag in Noord-Afrika voordat hij in 1941 werd gedemobiliseerd, na de Tweede Wapenstilstand in Compiègne. Hij sloot zich vervolgens aan bij het Franse verzet en werd door de Duitsers gearresteerd nadat hij had geprobeerd de Pyreneeën over te steken op weg naar Londen om zich bij de Vrije Franse leider Charles de Gaulle aan te sluiten. Na zijn arrestatie bracht hij tijd door in verschillende gevangenissen, waaronder Fresnes. Na zijn vrijlating sloot hij zich aan bij de Franse verzetsgroep Organization de Résistance dans lArmee onder de naam Louis Monnier. Een ander lid van de Charles Martel Brigade waartoe hij behoorde was zijn neef Joachim, Prins Murat, die in juli 1944 werd vermoord. Prins Louis zelf ontsnapte een maand later ternauwernood aan de dood toen hij op 28 augustus zwaar gewond raakte als onderdeel van een zevenkoppige patrouille die werd aangevallen; hij was de enige overlevende. Na zijn herstel sloot hij zich aan bij de Alpine Division en werd later gedecoreerd. voor moed.
Na de oorlog woonde hij in Zwitserland en, onregelmatig, in Parijs tot 1950, toen de wet van verbanning tegen de hoofden van de voormalige heersende dynastieën van Frankrijk werd ingetrokken.
Prins Louis werd een succesvol zakenman, met een aantal financiële belangen in Afrika. In 1951 stuurde de prins een herdenkingskrans met het Napoleontische “N” -teken naar de begrafenis van William, de Duitse kroonprins, zoon van de afgezette Wilhelm II, Duitse keizer. Dit werd in die tijd door royalisten als een ironisch gebaar gezien, gezien het feit dat het het Duitse Huis Hohenzollern was dat het keizerlijke huis van Lodewijk Napoleon had verslagen en onttroond tijdens de Frans-Pruisische oorlog in 1870.
Na de dood van prins Louis in Prangins, Zwitserland, wees hij zijn kleinzoon, prins Jean-Christophe Napoléon, aan als zijn opvolger, waarbij hij zijn oudste zoon, prins Charles Napoléon, omzeilde.