Structuur en reikwijdte van de geschiedenis
Herodotus onderwerp in zijn geschiedenis zijn de oorlogen tussen Griekenland en Perzië (499-479 vce) en hun voorrondes. Aangezien het bewaard is gebleven, is de geschiedenis verdeeld in negen boeken (de divisie is niet die van de auteur): boeken I-V beschrijven de achtergrond van de Grieks-Perzische oorlogen; De boeken VI-IX bevatten de geschiedenis van de oorlogen, culminerend in een verslag van de invasie van de Perzische koning Xerxes in Griekenland (Boek VII) en de grote Griekse overwinningen in Salamis, Plataea en Mycale in 480–479 vce. Er zijn twee delen in de geschiedenis, het ene is het systematische verhaal van de oorlog van 480-479 met zijn voorbereidingen vanaf 499 (inclusief de Ionische opstand en de slag bij Marathon in Boek VI), het andere is het verhaal van de groei en organisatie van het Perzische rijk en een beschrijving van de geografie, sociale structuur en geschiedenis.
Moderne geleerden zijn het er niet over eens of Herodotus vanaf het begin deze regeling in gedachten had of was begonnen met een plan voor slechts één deel, ofwel een beschrijving van Perzië of een geschiedenis van de oorlog, en zo ja, met welke. Een waarschijnlijke mening is dat Herodotus begon met een plan voor de geschiedenis van de oorlog en dat hij later besloot tot een beschrijving van het Perzische rijk zelf. Want een man als Herodotus moest zich afvragen wat de door Perzië geleide invasiemacht betekende. Herodotus was diep onder de indruk, niet alleen van de grote omvang van het Perzische rijk, maar ook van de gevarieerde en veeltalige aard van zijn leger, dat nog verenigd was in één enkel commando, in schril contrast met de Griekse strijdkrachten met hun politieke verdeeldheid en omstreden commandanten, hoewel de Grieken een gemeenschappelijke taal, religie en manier van denken deelden en hetzelfde gevoel hadden over waar ze voor streden. Dit verschil moest aan zijn lezers worden uitgelegd, en daartoe beschrijft hij het rijk.
Een logisch verband tussen de twee hoofdsecties is te vinden in het verslag in Boek VII van de westwaartse mars van Xerxes immense leger van Sardes naar de Hellespont op weg naar de oversteek via de brug van boten naar Griekenland zelf. Eerst komt een verhaal over Xerxes arrogantie en humeurigheid, gevolgd door een ander van zijn woeste en autocratische wreedheid, en dan komt er een lange gedetailleerde beschrijving van de afzonderlijke militaire contingenten van het leger die marcheren alsof ze in parade zijn, gevolgd door een gedetailleerde opsomming van alle nationale en raciale elementen in de enorme invasiemacht.
Herodotus beschrijft de geschiedenis en samenstellende delen van het Perzische rijk in boeken I-IV. Zijn methode in het verslag van het rijk is om elke divisie ervan te beschrijven, niet in een geografische volgorde, maar zoals elk werd veroverd door Perzië – door de opeenvolgende Perzische koningen Cyrus, Cambyses en Darius. (De enige uitzondering op deze regeling is Lydia, die aan het begin van de geschiedenis wordt behandeld, niet omdat het voor het eerst werd veroverd, maar omdat het het eerste vreemde land was dat de Griekse steden van Klein-Azië aanviel en overwon.)
Het eerste deel van Boek I, de geschiedenis en beschrijving van Lydia en zijn verovering door de Perzen, wordt gevolgd door het verhaal van Cyrus zelf, zijn nederlaag van de Meden en een beschrijving van Perzië zelf, zijn aanval op de Massageten ( in het noordoosten, in de richting van de Kaspische Zee), en zijn dood. Boek II bevat de opvolging van Cambyses, Cyrus zoon, zijn plan om Egypte aan te vallen, en een immens lang verslag van dat unieke land en zijn geschiedenis. Boek III beschrijft de verovering van Egypte door de Perzen, het mislukken van hun invasies in het zuiden (Ethiopië) en het westen; de waanzin en de dood van Cambyses; de strijd om de opvolging in Perzië, eindigend met de keuze van Darius als de nieuwe koning; de organisatie van het uitgestrekte nieuwe rijk door hem, met een overzicht van de verste provincies tot aan Bactrië en Noordwest-India; en de interne opstanden onderdrukt door Darius. Boek IV begint met de beschrijving en geschiedenis van de Scythische volkeren, van de Donau tot de Don, die Darius voorstelde aan te vallen door de Bosporus over te steken, en van hun land en van de Zwarte Zee.
Dan volgt de verhaal van de Perzische invasie van Scythia, die de onderwerping van meer Griekse steden met zich meebracht, zoals Byzantium; van de gelijktijdige aanval van de Perzen vanuit Egypte op Libië, dat door Grieken was gekoloniseerd; en de beschrijving van dat land en zijn kolonisatie. Boek V beschrijft verdere Perzische opmars naar Griekenland vanuit de Hellespont en de onderwerping van Thracië en Macedonië en nog veel meer Griekse steden aan de Perzische macht, en vervolgens het begin van de opstand van de Griekse steden van Ionië tegen Perzië in 499, en zo naar de belangrijkste onderwerp van het hele werk.