Amerikas beste Indiase jager
Met het einde van de burgeroorlog gingen de burgersoldaten van de US Volunteers uiteen . Custer keerde terug naar de rang van kapitein in het reguliere leger, hoewel hij werd gepromoveerd tot luitenant-kolonel en waarnemend commandant werd van het nieuw gevormde 7e Amerikaanse Cavalerie Regiment. In 1866 meldden Custer en zijn 7e cavalerie zich in het westen van Kansas om deel te nemen aan de expeditie van generaal-majoor Winfield S. Hancock om de vijandige Plains Indianen te ontzag met de militaire kracht van het Amerikaanse leger. Custer kon zich niet met succes aanpassen aan de Indiase oorlogsvoering en begon grillig te handelen. Hij beval deserteurs zonder proces neer te schieten. In plaats van te wachten op voorraden die bij Fort Wallace zouden worden geladen, verliet hij zijn regiment en ging naar Fort Riley om zijn vrouw te bezoeken. Een krijgsraad in Fort Leavenworth vond Custer in 1867 schuldig aan wangedrag en schorste hem voor een jaar.
Custer en zijn vrouw, Elizabeth (Libbie) Bacon Custer, waren zeer toegewijd aan elkaar en schreven lange gepassioneerde brieven toen ze gescheiden waren. Ze waren partners in Custers romantische zoektocht naar glorie en roem, en speelden de rollen van de cavalier en zijn dame. Custer zou een theatrale aanwezigheid en gevoeligheid hebben gehad. Hij parfumeerde zijn golvende blonde haar en versterkte zijn vaak gespecialiseerde uniformen (variërend van een fluwelen jasje met brokaten tijdens de burgeroorlog tot de buckskins van een grensbewoner in het Westen) met een rode stropdas en een grote hoed met brede rand (die ook zijn blanke huid beschermde tegen zonnebrand).
Het onvermogen van het leger om de Plains Indianen te onderwerpen, bracht Custers superieuren ertoe een soldaat met zijn agressieve instincten een tweede kans te geven. Ze brachten hem weer aan het werk voordat zijn straf voor de krijgsraad afliep, en in september 1868 voegde hij zich weer bij de 7e Cavalerie in het zuidwesten van Kansas. In november verraste en vernietigde zijn bevel het dorp van de zuidelijke Cheyenne-opperhoofd Black Kettle aan de Washita-rivier. (Black Kettle en zijn volk waren al het doelwit geweest van een controversiële verrassingsaanval door het leger in 1864, bekend als het Sand Creek Massacre.) Dit ietwat twijfelachtige succes – de meerderheid van de Indianen zou vrouwen, kinderen en ouder zijn geweest mensen in plaats van krijgers – was de eerste grote overwinning van het leger op de stammen van de Southern Plains na de burgeroorlog, en het vestigde de reputatie van Custer als Amerikas beste Indiase jager, die hij behield nadat de prestaties van andere legerofficieren de zijne hadden overtroffen.
In 1874 leidde Custer een expeditie om de geruchten over goudafzettingen in de Black Hills van het Dakota Territory (nu in het westen van South Dakota en het noordoosten van Wyoming) te onderzoeken. De regio was bij verdrag erkend als het heilige jachtgebied van de machtige Lakota Sioux. De overdreven rapporten van Custer leidden echter tot een goudkoorts, en de Amerikaanse regering gaf aan dat de Sioux en hun noordelijke Cheyenne-bondgenoten tegen 31 januari 1876 naar reservaten zouden trekken, anders zouden ze als “vijandig” worden beschouwd.