Scout en soldaat
Tijdens de Amerikaanse burgeroorlog (1861-1865) diende Cody voor het eerst als verkenner van de Unie in campagnes tegen de Kiowa en de Comanche en later (in 1863) meldde zich bij de Seventh Kansas Cavalry, die in actie kwam in Missouri en Tennessee. Na de oorlog werkte hij voor het Amerikaanse leger als een civiele verkenner en expediteur vanuit Fort Ellsworth in Kansas (1866-1867). In 1867-1868 jaagde hij op buffels om de bouwploegen van de Union Pacific Railroad te voeden. Gedurende deze tijd zou hij ongeveer 4.280 buffels hebben afgeslacht, en hij werd al snel bekend als de kampioen buffelmoordenaar van de Great Plains.
Cody verwierf niet alleen een reputatie vanwege zijn nauwkeurige scherpschutterskunst, maar ook vanwege zijn totale herinnering aan het uitgestrekte terrein dat hij had doorkruist, kennis van Indiase wegen, moed en uithoudingsvermogen. Hij was een veelgevraagd verkenner en gids, voornamelijk voor de Amerikaanse Vijfde Cavalerie, tijdens een groot deel van de poging van de regering om het Indiase verzet tegen de vestiging van het land ten westen van de rivier de Mississippi (1868-1876) uit te roeien. In 1872 regelde generaal Philip Sheridan voor Cody en Lieut. Kolonel George Armstrong Custer om groothertog Alexis van Rusland te begeleiden tijdens een jachtreis die was opgezet door de Amerikaanse president. Ulysses S. Grant. Datzelfde jaar ontving Cody, die vaak gevaarlijke opdrachten aannam die anderen weigerden, de Medal of Honor voor zijn heldhaftige acties op 26 april als verkenner voor een contingent van de Derde Cavalerie die de achtervolging in zette op Indianen die legerpaarden hadden gestolen nabij Fort McPherson in Nebraska . (De eer werd in 1916 ingetrokken als onderdeel van een algemene beoordeling om personen te identificeren die de onderscheiding hadden ontvangen, maar technisch gezien geen lid van het leger waren als officieren of manschappen. Scouts werden geclassificeerd als burgers. Het Amerikaanse leger herstelde de medaille echter van eer aan Cody postuum in 1989.) Tijdens zijn legerdienst bleef Codys reputatie groeien. In totaal zou hij betrokken zijn geweest bij 16 Indiase gevechten, waaronder zijn veel gepubliceerde scalperen (17 juli 1876) van de Cheyenne-krijger Yellow Hair (ten onrechte vertaald als Yellow Hand) in Sioux County, Nebraska, dat werd geprezen als een reactie op het bloedbad van Custers bevel in de Slag om de Kleine Bighorn eerder dit jaar.