Achtergrond: hoewel bekend is dat promotormutaties functioneel belangrijke gevolgen hebben voor genexpressie, is promotoranalyse geen regelmatige onderdeel van DNA-diagnostiek.
Inhoud: deze review behandelt verschillende belangrijke aspecten van promotor-mutatieanalyse en bevat een voorgestelde modelprocedure voor het bestuderen van promotor-mutaties. Karakterisering van een promotorsequentievariatie omvat een uitgebreide studie van de literatuur en databases van menselijke mutaties en transcriptiefactoren. Fylogenetische footprinting wordt ook gebruikt om het vermeende belang van het betreffende promotergebied te evalueren. Deze in silico-analyse wordt in het algemeen gevolgd door in vitro functionele assays, waarvan tijdelijke en stabiele transfectie-assays worden beschouwd als de gouden standaardmethoden. Elektroforetische mobiliteitsverschuivings- en supershift-assays worden gebruikt om trans-werkende eiwitten te identificeren die vermoedelijk een interactie aangaan met het promotergebied van belang. Ten slotte zijn chromatine-immunoprecipitatietesten essentieel om in vivo binding van deze eiwitten aan de promotor te bevestigen.
Samenvatting: Hoewel de analyse van promotor-mutaties complex, vaak arbeidsintensief en moeilijk uit te voeren is, is het een essentieel onderdeel van de diagnose van ziekteverwekkende promotor-mutaties en verbetert het ons begrip van de rol van transcriptionele regulatie bij de mens. ziekte. We raden routinelaboratoria en onderzoeksgroepen die gespecialiseerd zijn in genpromotoronderzoek aan om samen te werken om de algemene kennis en diagnose van defecten aan de genpromotor uit te breiden.