I 1955, Ing. Karel Hartl begynte å vurdere å krysse karpatiske grå ulver med en tysk hyrde (tysk: Deutscher Schäferhund, tsjekkisk: Německý ovčák, slovakisk: Nemecký ovčiak) som et vitenskapelig eksperiment på militærhallen i Tsjekkoslovakia. Noen år senere ble ideen imidlertid født om å etablere en ny rase. De første hybridene til en kvinnelig ulv ved navn Brita og en mannlig tysk hyrde ved navn Cézar ble født 26. mai 1958 i Libějovice.
Valper av den første generasjonen lignet ulven i utseende og oppførsel. Oppveksten deres var vanskelig; trening var mulig, men resultatene stemte nesten ikke med innsatsen. I voksen alder ble de igjen avlet med tyske hyrder, og reduserte andelen ulvblod til 6,25% i fjerde generasjon. De fleste individer fra tredje og fjerde generasjon var i stand til å delta på et normalt kurs og kunne plasseres i tjenesteprestasjoner. Sammenlignet med hunder hadde de bedre navigasjonsferdigheter, nattesyn, hørsel og luktesans. I tester av utholdenhet avsluttet hybrider hele ruten på 100 km uten å være utmattet.
Et foredrag av Ing. Karel Hartl, «Resultater av kryssing av ulv med hunder», vekket stor oppmerksomhet på World Dog Show i juni 1965 i Brno og i Praha på årsmøtet til Fédération Cynologique Internationale (FCI) og den internasjonale Cynologic Congress. Året etter kom Ing. Hartl utarbeidet et utkast til en ny hunderase. Parring av ulven Brita med den tyske hyrden Kurt skapte deretter grunnlaget for en annen linje. En tredje linje ble laget ved å bli med ulven Argo med den kvinnelige tyske hyrden Asta fra SNB. I 1977 ble en tredje generasjons hybridkvinne kalt Xela av grensevaktene dekket av ulven Sarika; han parret seg også med den kvinnelige Orta fra grensevaktene.
Rasen i stiftelsen nektet imidlertid gjentatte ganger anerkjennelse, og på 1970-tallet ble de fleste avlshunder flyttet til de slovakiske militærhallen i nærheten av Malacky, under tilsyn av visekommandør major František Rosík. I 1971–1981 ble kull bare født i Slovakia. I 1982 ble klubben for tsjekkoslovakiske Wolfdog Breeders (Klub chovatelů československého vlčáka) grunnlagt i Brno, med autoritet over hele det tidligere Tsjekkoslovakia.
I 1982 ble rasen igjen presentert for anerkjennelse av František Rosík gjennom klubben for tsjekkoslovakiske Wolfdog Breeders (nå delt inn i tsjekkisk og slovakisk Breed Club), og denne gangen ble den anerkjent av de tsjekkoslovakiske oppdretterforeningene som en nasjonal rase. Den siste tilførselen av ulvblod fant sted i 1983. Ulven Lejdy av Ohrada zoologiske hage i Hluboká nad Vltavou fødte den siste linjen i den nye rasen, faren til valpene var den tyske hyrden Bojar von Shottenhof. Siden den tid har avl kun blitt utført i lukkede populasjoner og den utviklede rasen referert til som tsjekkoslovakiske Wolfdogs.
I 1989 ble den foreløpig anerkjent som FCI-standard nr. 332, gruppe 1, seksjon 1. Den vant tittelen «verdensmester» på World Dog Show i Brno i 199 0. Ti år senere, i 1999, bekreftet rasen sin levedyktighet og oppfylte alle kriteriene i FCI, og fikk full anerkjennelse av den tsjekkoslovakiske Wolfdog-rasen.
I 2012 var rasen 168 voksne kvinner og 170 voksne menn offisielt registrert i Tsjekkia. Per januar 2014 er flest valper hvert år registrert i Italia (opptil to hundre), i Tsjekkia (ca. 100) og i Slovakia (ca. 50). Rasen vokser i popularitet også i Storbritannia, med en rekke tsjekkoslovakiske Wolfdogs som arbeider innen Search and Rescue, støttet av en dedikert raseklubb.