Southeastern University ble grunnlagt i 1935 i New Brockton, Alabama av Assemblies of God Alabama District superintendent J.C. Thames og andre sørøstlige distriktsledere som Alabama Shield of Faith Institute. Den ble omdøpt til South-Eastern Bible Institute (SEBI) i 1936. Opprinnelig lokalisert i en tidligere videregående bygning i New Brockton, Alabama, åpnet den dørene for studenter 4. november 1935, under ledelse av fire fakultetsmedlemmer. To år senere, i mai 1937, ble de første eksamenene holdt. Sytten studenter mottok vitnemål for det toårige akademiske programmet.
SEBI fortsatte undervisningen i New Brockton til 1940 da det ble besluttet å konsolidere skolen med Beulah Heights Bible Institute i Atlanta, Georgia. Skolen var kjent fra 1940 til 1942 som Beulah Heights — South-Eastern Bible Institute. Høsten 1942 godtok distriktsinspektørene i de sørøstlige distriktene invitasjonen til pastor Ralph Byrd og hans menighet om å flytte skolen til et annet sted i Atlanta hvor den igjen ble omdøpt til SEBI. I 1946 stemte skolens styre for å sikre et permanent sted for den fulle utviklingen av skolen. En ny campusplass ble kjøpt senere det året i Lakeland, Florida. Atlanta-campus ble solgt og utvikling av det nye nettstedet begynte. Studentkroppsveksten fortsatte ved det nye sentrale Florida-campus sammen med det akademiske programmet.
Bush Chapel
SEBI ble South-Eastern Bible College i 1956 da skolen begynte å tilby fireårige bachelorstudier. Etter å ha lagt til utdannelsesgrader endret høyskolens styre skolens navn til Southeastern College of the Assemblies of God i 1977. I 1986 fikk Southeastern regional akkreditering av Southern Association of Colleges and Schools Commission on Colleges. Akkreditering ble bekreftet. i 1991, 2001 og 2011. I 2005 ble Southeastern College offisielt Southeastern University, og begynte å tilby sine første masterstudier, og dannet colleges of arts and sciences, business, Christian ministries and religion, and education. Siden da har universitetet også dannet kollegene for atferds- og samfunnsvitenskap og natur- og helsevitenskap. I 2014 startet det sitt første doktorgradsprogram, EdD.
I 2011 gjennomførte Southeastern flere tiltak som resulterte i rask vekst. Fra 2500 studenter i 2012 utvidet skolen seg til 4538 høsten 2015, en vekstrate på 78% siden 2011. I 2012 godkjente Southeastern tillegg av et sykepleierprogram og tillegg av et høyskolefotballag. Fotballutvidelsen inkluderte bygging av et stadion med plass til 3500 tilskuere og et atletisk treningssenter. Southeastern Fire fotballag spilte sin første hjemmekamp høsten 2014. I 2014 åpnet skolen også nye baseball- og fotballanlegg. I 2015 startet byggingen av flere nye akademiske bygninger, et nytt atletkompleks inkludert et gymsal og en 8-felts bane. Høsten 2015 åpnet Southeastern en ny natur- og helsevitenskapelig bygning på 27.000 kvadratmeter. Det nye anlegget inkluderer et auditorium, kjemilaboratorier, datalaboratorier, eksamenslokaler, pasientrom og et sykepleiesimuleringslaboratorium. Sommeren 2015 ble riving av Spence Hall, Lindsey Science Building og Music Hall for å gi plass til Live / Learn Facility, kjent som Buena Vida. Anlegget på 125.000 kvadratmeter ble ferdigstilt høsten 2016 og inkluderer klasserom, fakultetskontorer, studentboliger og en matrett. Det første segmentet av Buena Vida, Kor- og øvingshallen, åpnet i september. De totale kostnadene for utvidelsesprogrammet vil være mellom $ 25 og $ 50 millioner.
Southeastern tilbyr 55 bachelorgrader, 16 mastergrader og to doktorgrader. Siden president Kent J. Ingle kom til Southeastern i 2011, har universitetet lansert 80 utvidelsessteder over hele landet, en økning fra forrige 50 s utvidelsessteder. Nettstedene er i 29 stater, inkludert Florida, som har 19. Gradene som tilbys på stedene inkluderer en rekke tilknytnings-, bachelor- og mastergrader i departement og ledelse.