I 1895 hadde en kolonn av leiesoldater i ansettelse av Cecil John Rhodes «Rhodesian-based Charter Company og ledet av kaptein Leander Starr Jameson gått inn i ZAR med den hensikt å gnist et opprør ved Witwatersrand og installering av en britisk administrasjon der. Den væpnede angrepet ble kjent som Jameson Raid. Det endte da den invaderende kolonnen ble bakhold og fanget av Boer-kommandoer. President Kruger mistenkte at opprøret hadde fått i det minste den stilltiende godkjenningen Cape Colony regjering under premierskapet til Cecil John Rhodes, og at Kruger Sør-Afrikanske republikk sto overhengende fare. Kruger reagerte ved å danne en allianse med den nærliggende Boerrepublikken Orange Free State. Dette forhindret ikke utbruddet av en annen anglo-boer-krig.
Andre Anglo-Boer WarEdit
Emily Hobhouse kjempet mot de forferdelige forholdene til de britiske konsentrasjonsleirene i Sør-Afrika, og påvirket dermed britisk opinion for krigen.
Fornyede spenninger mellom Storbritannia og boerne toppet seg i 1899 da britene krevde stemmerett for de 60.000 utenlandske hvite ved Witwatersrand. Fram til det tidspunktet hadde president Paul Krugers regjering ekskludert alle utlendinger fra franchisen. Kruger avviste britisk krav og ba om tilbaketrekning av britiske tropper fra Sør-Afrikas grenser. Da britene nektet, erklærte Kruger krig. Dette Andre anglo-boer-krig, også kjent som den sør-afrikanske krigen, varte lenger enn den første, med britiske tropper som ble supplert med kolonitropper fra Sør-Rhodesia, Canada, India, Australia og New Zealand. Det er anslått at det totale antallet britiske og kolonitropper utplassert i Sør-Afrika under krigen overgikk befolkningen i de to Boerrepublikkene med mer enn 150 000.
I juni 1900 hadde Pretoria, den siste av de store boerbyene, gitt seg. Boer bittereinders (som betyr de som ville kjempe til den bitre enden) fortsatte i to år til med geriljakrigføring, som britene møtte på sin side med brent jordtaktikk. Boerne fortsatte å kjempe.
Den britiske suffragetten Emily Hobhouse besøkte britiske konsentrasjonsleirer i Sør-Afrika og produserte en rapport som fordømte de fryktelige forholdene der. I 1902 hadde 26 000 boerekvinner og barn død av sykdom og forsømmelse i leirene.
Anglo-Boer-krigen rammet alle rasegrupper i Sør-Afrika. Svarte mennesker ble vervet eller på annen måte tvunget av begge sider til å jobbe for dem enten som stridende eller ikke-stridende for å opprettholde den respektive krigsinnsatsen til både boerne og britene. Den offisielle statistikken over svarte drepte i aksjon er unøyaktig. De fleste likene ble dumpet i umerkede graver. Det er imidlertid bekreftet at 17 182 svarte mennesker døde hovedsakelig av sykdommer i Kapp-konsentrasjonsleirene alene, men dette tallet er ikke akseptert historisk som en sann refleksjon av det totale antallet. Konsentrasjonsleirens overordnede registrerte ikke alltid dødsfallet til svarte innsatte i leirene.
Fra begynnelsen av fiendtlighetene i oktober 1899 til underskrivelsen av fred 31. mai 1902 krevde krigen livet til 22.000 keiserlige soldater og 7000 republikanske krigere. Når det gjelder fredsavtalen kjent som Vereeniging-traktaten, anerkjente Boerrepublikkene britisk suverenitet, mens britene igjen forpliktet seg til å gjenoppbygge områdene under deres kontroll.