Landet som Six Flags Hurricane Harbor Splashtown nå okkuperer, var tidlig på 1980-tallet hjemmet til en temapark kjent som Hanna-Barbera Land. Hanna-Barbera Land opererte bare i to sesonger før eierne, Kings Entertainment Company, solgte parken til private investorer. Fornøyelsesparken fikk fjernet alle turene, med de nye eierne som installerte et badeland med flere vannsklier. Mye av parkens viktorianske bygninger, gatelys og landskapsarbeid forble. Splashtown USA åpnet for publikum kort tid etter.
På 1990-tallet byttet parken eier to ganger: først til Morris-familien i 1994, og deretter til Six Flags i mai 1999. Oppkjøpet ble gjort av Six Flags for å eliminere parken fra å være en konkurrent til dens Six Flags WaterWorld badeland, som også ligger i Houston. Parken ble omdøpt til Six Flags SplashTown i 2000.
Etter stengingen av Six Flags WaterWorld og tilstøtende Six Flags AstroWorld i oktober 2005, gjennomførte Six Flags en restrukturering av Six Flags SplashTown, noe som resulterte i avslutningen av parkens daglige leder, operasjonsleder og Food Service Manager i begynnelsen av november 2005. I januar 2006 ble det kunngjort at den tidligere operasjonssjefen i WaterWorld ville bli den nye Splashtown Operations Manager. Flere av WaterWorlds attraksjoner ble flyttet til SplashTown. Parken gjennomgikk en «ansiktsløftning» samt generell rengjøring for å forberede den til åpningsdagen 28. april 2006. Inngangen fikk et nytt skilt med tillegg av renoverte bygninger og
I januar 2007 kunngjorde Six Flags at SplashTown sammen med seks andre parker ville bli solgt for totalt $ 312 millioner. Avtalen innebar at Six Flags solgte eiendommene til PARC Management, som i turn solgte eiendommene til CNL Lifestyle Properties. CNL ville deretter leie eiendommene tilbake til PARC Management under en 52-års leieavtale, men etter mindre enn tre år i 52-årige kontrakter, avsluttet CNL sine avtaler med PARC Management i november 2010. I begynnelsen av 2011 utnevnte CNL Premier Attraction Management, LLC (nå Premier Parks, LLC) som de nye operatørene av parken. På det tidspunktet ble aksjeselskapet ledet av tidligere Six Flags-ansatte Kieran Burke, den tidligere Styrets leder og administrerende direktør, og Gary Story, tidligere president og administrerende direktør.
I november 2013 kjøpte CNL Lifestyle Properties rettigheter til merket Wet «n» i USA fra det australske firmaet Village Roadshow Theme Parker. I månedene som fulgte ble CNL ommerket flere av eiendommene sine til Wet «n» Wild Water Parks, inkludert SplashTown Houston, som ble Wet «n» Wild SplashTown. Selve parken fikk en renovering på flere millioner dollar.
På slutten av 2016 kunngjorde CNL Lifestyle Properties at de solgte eierskap til femten attraksjonseiendommer, inkludert Wet «n» Wild Splashtown, sammen med fem små familieunderholdningssentre. til EPR Properties for omtrent 456 millioner dollar. Transaksjonen ble fullført i april 2017. Premier Parks LLC forble som operatør.
22. mai 2018 kjøpte Six Flags leierettighetene fra Premier Parks LLC til å forvalte flere parker eid av EPR Properties. Splashtown ble renovert i høysesongen og i 2019 skiftet navn til Six Flags Hurricane Harbour Splashtown.
På grunn av den økende bekymringen til COVID-19-pandemien kunngjorde Six Flags en suspensjon av virksomheten i hele selskapet i mars 13. 2020. Six Flags Hurricane Harbour Splashtown var planlagt å åpne for 2020-sesongen 22. mai, men ga ut en ny åpningsdato 29. juni. 26. juni, tre dager før den nye åpningsdatoen, kunngjorde badelandet at det gjenåpning ble utsatt på ubestemt tid for å følge lokale fylkeskommunens retningslinjer. I begynnelsen av august kunngjorde parkansvarlige at operasjonssesongen 2020 var avbrutt, og at Six Flags Hurricane Harbour Splashtown ser frem til å åpne igjen i 2021. Dette ville være den første sesongen for badelandet som ikke skulle operere siden starten i 1984.