Klubben sporer røttene til en 1889–1890-tur av William K. Vanderbilt, Edward Meade og Duncan Cryder, til Biarritz i Sør-Frankrike hvor de møtte mestergolfspiller Willie Dunn , fra Skottland, som bygde en golfbane på feriestedet.
Tilbake i USA søkte Meade og Cryder etter et sted for en golfbane i nærheten av New York City. Meade, kjent for sine cowboy-ish antics handelsvarer, var overbevist om at upstate New York ville være det ideelle stedet, men Cryder foretrakk en parsell i Yonkers. Til syvende og sist valgte de sandkassene ved siden av Long Island Rail Road like øst for Shinnecock-kanalen. Den originale pakken på 80 hektar (32 ha) ble kjøpt fra utviklere for $ 2500, og 44 originale medlemmer registrerte seg for $ 100 hver.
Willie Davis, klubbprofesjonen fra Royal Montreal Club, designet et 12-hulls kurs som åpnet på sensommeren 1891. Medlemmer av Shinnecock Indian Nation hjalp til med å bygge banen, som ligger på den store flaten av landet nasjonen hevder ble ulovlig tatt fra dem av tidligere bosettere i området i 1859. Klubben hedrer i dag sin forbindelse til nasjonens arv med dets emblem som viser en indianerhøvding. Stanford White tegnet klubbhuset fra 1892, sies å være det eldste golfklubbhuset i USA. En ni-hulls kun damebane ble designet og bygget på Shinnecock Hills i 1893, den første damegolfbanen i amerikansk historie.
1901
I 1894 ankom Dunn og la til seks flere hull som brakte totalt 18. Samme år vant Dunn turneringen som var en innvielse forsøk på å etablere et nasjonalt mesterskap på Newport, Rhode Island, men denne seieren ble ikke anerkjent som offisiell. Senere i 1894 var Shinnecock Hills en av fem stiftende klubber i United States Golf Association, etablert i New York City. Den nye USGA holdt det første U.S. Open i 1895 i Newport, Rhode Island.
I 1896 var Shinnecock den gang –550 yd (4.570 m) vert for det andre U.S. Open. Mange spillere brøt 80 i 36-hulls-arrangementet, noe som førte til krav om å øke banens vanskeligheter. Deltakelse i 1896 Open var den svarte profesjonelle spilleren John Shippen, av mange historikere antatt å ha vært den første USA-fødte golfproffen.
I 1901 ble damebanen innlemmet i en forlenget og redesignet bane av Charles B. Macdonald og Seth Raynor, og beholdt fem av Dunns originale hull.
William Flynn redesignet omfattende. banen i 1931 inn i en 6 163 meter konfigurasjon. Flynns design beholder fem av hullene av Macdonald og Raynor, og den grønne av et sjette hull designet av disse to. Før US Open i 2004 ble banen utvidet til en lengde på 6,996 meter (6,397 m) ved tillegg av ekstra tees.
Shinnecock Hills ble rangert som nummer to i Golf Digests 100 Greatest Courses Ranking for 2007, 2008 og tredje i 2009.
Rutingen ble beholdt, og det ble lagt til flere nye utslagsgivere som forberedelse til US Open 2018. Banen ble utvidet til 7440 yards, med bibehold på 70. Shinnecock Hills er planlagt å være vertskap for US Open 2026.
Klubben har også en ni-hulls sekundærbane for bruk av medlemmene.