Anslag fra astrocytter strekker seg også til veggene i blodårene som er en del av blodet -hjernsperre og ofte omgir disse fartøyene helt. Disse anslagene, kalt astrocytiske endeføtter, ser ut til å spille kritiske roller i dannelsen av blod-hjerne-barrieren. For eksempel antas de å være involvert i signalisering som ber endotelceller om å danne de tette kryssene som er nødvendige for å skape blod-hjerne-barrieren. De ser også ut til å ha flere funksjoner som involverer vedlikehold av blod-hjerne-barrieren og muligens forbigående åpning av barrieren for å la viktige stoffer krysse under spesielle omstendigheter.
Mens de fleste blodkar i hjernen er innhyllet i blod-hjerne-barrieren, er det noen regioner som mangler en blod-hjerne-barriere, slik at stoffer kan passere fra blodet til hjernen og omvendt mer fritt. For eksempel er de sirkulære organene en gruppe strukturer som mangler en blod-hjerne-barriere som er sentrert rundt hjertekamrene. Det antas at blodkar i de omgående organene er mer gjennomtrengelige av en grunn; for eksempel trenger den bakre hypofysen å frigjøre hormoner direkte i blodet, og det subforniske organet er involvert i kardiovaskulær regulering, som krever tilgang til sirkulasjonssystemet for å overvåke nivåer av hormoner i blodet.
Selv om blod-hjerne-barrieren er et viktig beskyttelseslag mellom den perifere blodsirkulasjonen og hjernen, kan det i visse situasjoner være problematisk at tilgangen til hjernen er så begrensende. For eksempel, i sjeldne tilfeller der det er en infeksjon i hjernen, gjør blod-hjerne-barrieren levering av antimikrobielle midler til hjernen veldig vanskelig; det hindrer også passasjen av antistoffer fra kroppen til hjernen. Selv om blod-hjerne-barrieren i disse tilfellene kan være en hindring for behandlingen, gir den imidlertid en viktig buffer mellom det sirkulerende blodet i kroppen og hjernen.