Ved utbruddet av andre verdenskrig skrev prins Louis til den franske statsministeren, Édouard Daladier, og tilbød seg å tjene i den franske hæren. Hans tilbud ble nektet, og derfor antok han nom de guerre av Louis Blanchard og sluttet seg til den franske utenrikslegionen, da han så handling i Nord-Afrika før han ble demobilisert i 1941, etter det andre våpenhvilen i Compiègne. Deretter sluttet han seg til den franske motstanden og ble arrestert av tyskerne etter å ha forsøkt å krysse Pyreneene på vei til London for å bli med den franske franske lederen Charles de Gaulle. Etter arrestasjonen tilbrakte han tid i forskjellige fengsler, inkludert Fresnes. Etter løslatelsen sluttet han seg til den franske motstandsgruppen Organization de Résistance dans l «Armee under navnet Louis Monnier. Et annet medlem av Charles Martel Brigade som han tilhørte, var fetteren Joachim, prins Murat, som ble drept i juli 1944. Prins Louis selv slapp knapt med døden en måned senere da han 28. august ble hardt såret som en del av en syvmannspatrulje som ble angrepet, han var den eneste overlevende. Etter sin utvinning ble han medlem av Alpedivisjonen og ble senere dekorert. for tapperhet.
Etter krigen bodde han i Sveits og uregelmessig i Paris til 1950, da bannloven mot lederne av Frankrikes tidligere regjerende dynastier ble opphevet.
Prins Louis ble en vellykket forretningsmann, med en rekke økonomiske interesser i Afrika. I 1951 sendte prinsen en minnekrans med Napoleons «N» -tegn til begravelsen til William, den tyske kronprinsen, sønn av den avsatte Wilhelm II, den tyske keiseren. Dette ble sett på som en ironisk gest av royalister på den tiden, gitt det faktum at det var det tyske huset Hohenzollern som hadde beseiret og avskåret Louis Napoleons eget keiserhus under den fransk-preussiske krigen i 1870.
Etter at prins Louis døde i Prangins, Sveits, utpekte han barnebarnet, prins Jean-Christophe Napoléon, som sin etterfølger, og gikk utenom sin eldste sønn, prins Charles Napoléon.