Kronisk granulomatøs sykdom er en lidelse som får immunforsvaret til å fungere, noe som resulterer i en form for immunsvikt. Immunsvikt er tilstander der immunforsvaret ikke er i stand til å beskytte kroppen mot fremmede inntrengere som bakterier og sopp. Personer med kronisk granulomatøs sykdom kan ha tilbakevendende bakterie- og soppinfeksjoner. Personer med denne tilstanden kan også ha områder med betennelse (granulomer) i forskjellige vev som kan føre til skade på disse vevene. Funksjonene ved kronisk granulomatøs sykdom dukker vanligvis først opp i barndommen, selv om noen individer ikke viser symptomer før senere i livet.
Personer med kronisk granulomatøs sykdom har vanligvis minst en alvorlig bakterie- eller soppinfeksjon hver 3. til 4. år. Lungene 
er det hyppigste infeksjonsområdet; lungebetennelse er et vanlig trekk ved denne tilstanden. Personer med kronisk granulomatøs sykdom kan utvikle en type sopp lungebetennelse, kalt mulch pneumonitt, som forårsaker feber og kortpustethet etter eksponering for råtnende organiske materialer som mulch, høy eller døde blader. Eksponering for disse organiske materialene og de mange soppene som er involvert i nedbrytningen, får mennesker med kronisk granulomatøs sykdom til å utvikle soppinfeksjoner i lungene. Andre vanlige infeksjonsområder hos personer med kronisk granulomatøs sykdom inkluderer hud, lever og lymfeknuter .
Betennelse kan forekomme i mange forskjellige områder av kroppen hos personer med kronisk granulomatøs sykdom. Vanligvis forekommer granulomer i mage-tarmkanalen og urinveiene . I mange tilfeller er tarmveggen betent og forårsaker en form for inflammatorisk tarmsykdom som varierer i alvorlighetsgrad, men kan føre til magesmerter, diaré, blodig avføring, kvalme og oppkast. Andre vanlige områder av betennelse hos personer med kronisk granulomatøs sykdom inkluderer mage, tykktarm og endetarm, samt munn, hals og hud. I tillegg kan granulomer i mage-tarmkanalen føre til vevsnedbrytning og pusproduksjon (abscesser). Betennelse i magen kan forhindre at mat går gjennom tarmene (gastrisk utløpsobstruksjon), noe som fører til manglende evne til å fordøye mat. Disse fordøyelsesproblemene forårsaker oppkast etter å ha spist og vekttap. I urinveiene kan det oppstå betennelse i nyrene og blæren. Betennelse i lymfeknuter (lymfadenitt) og benmarg (osteomyelitt), som begge produserer immunceller, kan føre til ytterligere svekkelse av immunsystemet.
Sjelden utvikler personer med kronisk granulomatøs sykdom autoimmune lidelser, som oppstår når immunforsvaret fungerer feil og angriper kroppens eget vev og organer.
Gjentatte episoder med infeksjon og betennelse reduserer forventet levealder for personer med kronisk granulomatøs sykdom; men med behandling lever de fleste berørte individer i midten til sen voksen alder.