Biopsiprøving av mageslimhinne ved diagnostisk endoskopi gir informasjon som ikke kan oppnås på andre måter. Den vanligste indikasjonen for gastrisk biopsi er behovet for å vite om pasienten er smittet med Helicobacter pylori eller ikke, og om magen er gastritisk eller ikke. Mikroskopisk undersøkelse av gastrisk biopsiprøver, i tillegg til H. pylori-status, gir informasjon om karakter, omfang og topografi av gastrittrelaterte og atrofi-relaterte lesjoner i magen. Denne informasjonen gir ytterligere muligheter for å vurdere risikoen og sannsynligheten for ulike magesykdommer. Disse er: a) Overvekt eller begrensning av H. pylori-relatert gastritt i antrumet korrelerer sterkt med en økt risiko for magesårssykdom, og spesielt av tolvfingertarmsår (duodenalsårfenotypen for gastritt). b) Tilstedeværelsen av atrofisk gastritt (tap av normale kjertler) i området i mageorganet indikerer en lav risiko for sår og også en reduksjon i pasientens evne til å skille ut syre. c) Forekomsten av avansert atrofisk gastritt og tarmmetaplasi multifokalt i magen (avansert multifokal atrofisk gastritt), og spesielt i mindre krumning og vinkelhakk, er trekk som tyder på økt risiko for gastrisk neoplasier (gastrisk kreftfenotype av gastritt ). d) Tilstedeværelsen av normal og sunn mageslimhinne indikerer derimot en ekstremt lav risiko for både magesårssykdom og magekreft. I tillegg til diagnosen H. pylori-relaterte gastriske lesjoner, kan rutinemessige gastriske biopsier avsløre funn som indikerer spesielle former for gastritt, slik som eosinofil, lymfocytisk, reaktiv eller granulomatøs gastritt (f.eks. Crohns gastritt) eller Helicobacter heilmannii gastritt Disse typer gastritt kan for øvrig finnes hos en liten prosentandel av pasientene som gjennomgår diagnostisk gastroskopi for abdominale plager.