Yemen WarEdit
I 1962 ble Egypt involvert i borgerkrigen i Jemen, og støttet det revolusjonerende regimet til Abdullah al-Sallal som hadde kastet landets tidligere hersker, Imam Badr, ut og erklært en republikk. Dette viste seg å være en betydelig økonomisk og militær belastning for Egypt og skapte antipati mot Saudi-Arabia, som støttet de jemenittiske lojalistene.
1967 WarEdit
Under arabisk press og som et resultat av økende populære forventninger til arabisk militærmakt 18. mai 1967 ba Nasser FNs generalsekretær U Thant om å trekke FNs beredskapsstyrke (UNEF) stasjonert på Egyptens side av grensen til Israel i Sinai. Egypt stengte Tiranstredet for israelsk skipsfart som gjengjeldelse for Israels avledning av elven Jordan. Kong Hussein av Jordan besøkte Kairo den 30. mai og undertegnet en jordansk-egyptisk forsvarspakt.
5. juni kl. Israelske hærstyrker ga Egypt et knusende slag. Sytten egyptiske flyplasser ble angrepet, og det meste av den egyptiske luftforsvaret ble ødelagt på bakken som førte til den israelske okkupasjonen av Sinai-halvøya. Jordan gikk inn i krigen på Egyptens side, men ble tvunget. å godta et våpenhvile fra FNs sikkerhetsråd 7. juni etter at Israel okkuperte de jordanskontrollerte territoriene på Vestbredden og den egyptisk kontrollerte Gazastripen. Egypt godtok også våpenhvilen. Israelske tropper angrep de strategiske militære installasjonene i de syriske Golanhøydene og okkuperte byen Quneitra. Syria aksepterte våpenhvilen 10. juni.
Egyptens nederlag i krigen i 1967 tvang Nasser til å trekke seg 9. juni, og utnevnte visepresident Zakaria Mohieddin som hans etterfølger. Imidlertid ga han etterfølgelse etter massive populære demonstrasjoner av støtte. Syv høytstående offiserer ble prøvd i kjølvannet av nederlaget, inkludert krigsminister Shams Badran. Sjefssjef for væpnede styrker feltmarskal Abdel-Hakim Amer ble arrestert og rapporteres å ha begått selvmord mens han var i varetekt i august.