Historieens struktur og omfang
Herodotusens tema i hans historie er krigene mellom Hellas og Persia (499–479 f.Kr.) og deres forberedelser. Siden den har overlevd, er historien delt inn i ni bøker (divisjonen er ikke forfatterens): Bøker I – V beskriver bakgrunnen for de gresk-persiske krigene; Bøker VI – IX inneholder krigens historie, som kulminerte i en beretning om den persiske kongen Xerxes invasjon av Hellas (bok VII) og de store greske seirene i Salamis, Plataea og Mycale i 480–479 fvt. Det er to deler i historien, den ene er den systematiske fortellingen om krigen 480–479 med sine forberedelser fra 499 og utover (inkludert det joniske opprøret og slaget ved maraton i bok VI), den andre er historien om veksten og organisering av det persiske imperiet og en beskrivelse av dets geografi, sosiale struktur og historie.
Moderne forskere er uenige om hvorvidt Herodot fra den første tiden hadde dette arrangementet i tankene eller hadde begynt med en plan for bare en del, enten en beskrivelse av Persia eller en historie om krigen, og i så fall med hvilken. En sannsynlig oppfatning er at Herodot begynte med en plan for krigens historie, og at han senere bestemte seg for en beskrivelse av det persiske imperiet. For en mann som Herodot var nødt til å spørre seg selv hva den persiskledede invasjonsstyrken mente. Herodot ble imponert dypt ikke bare av det store persiske rikets størrelse, men også av den varierte og mangfoldige arten til hæren, som likevel var samlet i en enkelt kommando, i full kontrast til de greske styrkene med deres politiske splittelse og omstridte befal, selv om grekerne delte et felles språk, religion og tankegang og den samme følelsen av hva de kjempet for. Denne forskjellen måtte forklares for leserne, og til dette beskriver han imperiet.
En logisk kobling mellom de to hovedavsnittene er å finne i beretningen i bok VII om den vestlige marsjen av Xerxes. enorme hær fra Sardis til Hellespont på vei til krysset med broen til båtene til Hellas. Først kommer en historie om Xerxes arroganse og petulance, etterfulgt av en annen av hans brutale og autokratiske grusomhet. nasjonale og rasemessige elementer i den enorme invasjonsstyrken.
Herodot beskriver historien og bestanddelene av det persiske imperiet i bøker I – IV. Hans metode i beretningen om imperiet er å beskrive hver deling av det ikke i geografisk rekkefølge, men snarere når hvert ble erobret av Persia — av de påfølgende persiske kongene Cyrus, Kambyses og Darius. (Det eneste unntaket fra denne ordningen er Lydia, som behandles helt i begynnelsen av historien, ikke fordi den først ble erobret, men fordi det var det første fremmede landet som angrep og overvant de greske byene i Lilleasia.)
Den første delen av bok I, historien og beskrivelsen av Lydia og perskernes erobring, blir fulgt av historien om Kyrus selv, hans nederlag mot mederne og en beskrivelse av Persia, hans angrep på Massagetae ( i nordøst, mot Kaspian), og hans død. Bok II inneholder rekkefølgen til Kambyses, Cyrus sønn, hans plan for å angripe Egypt, og en utrolig lang beretning om det unike landet og dets historie. Bok III beskriver persernes erobring av Egypt, svikt i deres invasjoner i sør (Etiopia) og vest; Kambyses galskap og død; kampene om arven i Persia, og endte med valget av Darius som ny konge; organisasjonen av det enorme nye imperiet av ham, med en viss redegjørelse for de fjerneste provinsene så langt øst som Bactria og nordvest-India; og de interne opprørene undertrykt av Darius. Bok IV begynner med beskrivelsen og historien til skytene, fra Donau til Don, som Darius foreslo å angripe ved å krysse Bosporos og deres land og Svartehavet.
Deretter følger historien om den persiske invasjonen av Scythia, som bar med seg innleveringen av flere greske byer, som Byzantium; av persernes samtidige angrep fra Egypt på Libya, som hadde blitt kolonisert av grekerne; og beskrivelsen av det landet og dets kolonisering. Bok V beskriver ytterligere persiske fremskritt til Hellas fra Hellespont og underkastelse av Thrakia og Makedonia og mange flere greske byer til persisk makt, så begynnelsen på opprøret til de greske byene Ionia mot Persia i 499, og så til de viktigste gjenstand for hele arbeidet.