Forskere bruker tre forskjellige typer FISH-sonder, som hver har en annen anvendelse:
Lokusspesifikke sonder binder seg til en bestemt region i kromosom. Denne typen sonde er nyttig når forskere har isolert en liten del av et gen og ønsker å bestemme hvilket kromosom genet ligger, eller hvor mange kopier av et gen som finnes i et bestemt genom.
Alfoid eller sentromere repeteringsprober genereres fra repeterende sekvenser funnet i midten av hvert kromosom. Forskere bruker disse sonder for å avgjøre om et individ har riktig antall kromosomer. Disse probene kan også brukes i kombinasjon med «locus specific probes» for å bestemme om et individ mangler genetisk materiale fra et bestemt kromosom. en annen sekvens langs lengden av et gitt kromosom. Ved å bruke flere sonder merket med en blanding av forskjellige fluorescerende fargestoffer, er forskere i stand til å merke hvert kromosom i sin egen unike farge. Det resulterende fullfargekartet over kromosomet er kjent som en spektral karyotype. Hele kromosomsonder er spesielt nyttige for å undersøke kromosomavvik, for eksempel når et stykke av ett kromosom er festet til enden av et annet kromosom.
For mange applikasjoner har FISH i stor grad blitt erstattet av bruk av mikroarrays . FISH er imidlertid fortsatt nyttig for noen tester. FISK kan også brukes til å studere sammenligninger mellom de kromosomale arrangementene av gener på tvers av beslektede arter.